Increase in the detection sensitivity of ´Candidatus Phytoplasma spp.´ 16SrX group by real-time PCR using RNA as a source material

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F19%3AN0000149" target="_blank" >RIV/25271121:_____/19:N0000149 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Zvýšení citlivosti detekce ´Candidatus Phytoplasma spp.´ skupiny 16SrX metodou real-time PCR s využitím RNA jako zdrojového materiálu

Original language description

Candidatus Phytoplasma spp.´ skupiny 16SrX způsobují závažná onemocnění ovocných dřevin. Tato práce popisuje vylepšenou metodu detekce fytoplazmy ze skupiny 16SrX založenou na použití RNA namísto DNA jako zdrojového materiálu v real-time PCR uspořádání. Analýza byla provedena u 20 vzorků ovocných stromů, u kterých byla v předchozích diagnostických testech prokázána pozitivita na fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´, ´Candidatus Phytoplasma pyri´ a ´Candidatus Phytoplasma prunorum´. Ukázalo se, že využití RNA jako vstupního materiálu vede v průměru až k 3,3x a 4,2x vyšší citlivosti detekce u ´Ca. P. mali´ a ´Ca. P. pyri´ a k více jak 18x vyšší citlivosti detekce v případě ´Ca. P. prunorum´. Vyšší citlivost detekce zvyšuje pravděpodobnost záchytu patogenu v rostlinném materiálu již při velmi nízkých koncentracích a snižuje se tak pravděpodobnost falešně negativních výsledků.

Czech name

Zvýšení citlivosti detekce ´Candidatus Phytoplasma spp.´ skupiny 16SrX metodou real-time PCR s využitím RNA jako zdrojového materiálu

Czech description

Candidatus Phytoplasma spp.´ skupiny 16SrX způsobují závažná onemocnění ovocných dřevin. Tato práce popisuje vylepšenou metodu detekce fytoplazmy ze skupiny 16SrX založenou na použití RNA namísto DNA jako zdrojového materiálu v real-time PCR uspořádání. Analýza byla provedena u 20 vzorků ovocných stromů, u kterých byla v předchozích diagnostických testech prokázána pozitivita na fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´, ´Candidatus Phytoplasma pyri´ a ´Candidatus Phytoplasma prunorum´. Ukázalo se, že využití RNA jako vstupního materiálu vede v průměru až k 3,3x a 4,2x vyšší citlivosti detekce u ´Ca. P. mali´ a ´Ca. P. pyri´ a k více jak 18x vyšší citlivosti detekce v případě ´Ca. P. prunorum´. Vyšší citlivost detekce zvyšuje pravděpodobnost záchytu patogenu v rostlinném materiálu již při velmi nízkých koncentracích a snižuje se tak pravděpodobnost falešně negativních výsledků.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

10609 - Biochemical research methods

Project

<a href="/en/project/LO1608" target="_blank" >LO1608: Research Pomological Centre</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

0231-6900

e-ISSN

—

Volume of the periodical

—

Issue of the periodical within the volume

26

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

9

Pages from-to

107-115

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—