Identification of ´Candidatus Phytoplasma mali´ genotypes using imp gene and their geographical distribution in the Czech Republic

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F19%3AN0000150" target="_blank" >RIV/25271121:_____/19:N0000150 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Identifikace genotypů fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´ za použití genu imp a jejich geografické rozšíření v České republice

Original language description

Práce shrnuje výsledky studia genetické variability fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´na území České republiky za použití genu imp kódujícího imunodominantní membránový protein. Z 98 vzorků pozitivních na přítomnost ´Candidatus Phytoplasma mali‘ bylo úspěšně získáno 81 sekvencí genu imp. Na základě srovnání sekvencí bylo definováno celkem 7 různých imp genotypů ve dvou skupinách označených A1 až A3 a B1 až B4, z nichž tři (A2, A3 a B2) byly popsány vůbec poprvé. Zachyceno bylo také značné množství směsných infekcí více genotypů imp, celkem v 15 vzorcích (18,5 %). Sekvenční podobnost jednotlivých genotypů genu imp se u ´Candidatus Phytoplasma mali´ pohybovala v rozmezí od 90,5 % do 99,8 %. Na základě pozorovatelných symptomů nelze s jistotou stanovit, zda jsou jabloně fytoplazmou infikovány, neboť 63,6 % negativních vzorků na přítomnost fytoplazmy bylo symptomatických a 41,1 % fytoplazma-pozitivních vzorků nevykazovalo symptomy. Korelace mezi imp genotypem ´Candidatus Phytoplasma mali´ a typem symptomů nebyla též prokázána.

Czech name

Identifikace genotypů fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´ za použití genu imp a jejich geografické rozšíření v České republice

Czech description

Práce shrnuje výsledky studia genetické variability fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´na území České republiky za použití genu imp kódujícího imunodominantní membránový protein. Z 98 vzorků pozitivních na přítomnost ´Candidatus Phytoplasma mali‘ bylo úspěšně získáno 81 sekvencí genu imp. Na základě srovnání sekvencí bylo definováno celkem 7 různých imp genotypů ve dvou skupinách označených A1 až A3 a B1 až B4, z nichž tři (A2, A3 a B2) byly popsány vůbec poprvé. Zachyceno bylo také značné množství směsných infekcí více genotypů imp, celkem v 15 vzorcích (18,5 %). Sekvenční podobnost jednotlivých genotypů genu imp se u ´Candidatus Phytoplasma mali´ pohybovala v rozmezí od 90,5 % do 99,8 %. Na základě pozorovatelných symptomů nelze s jistotou stanovit, zda jsou jabloně fytoplazmou infikovány, neboť 63,6 % negativních vzorků na přítomnost fytoplazmy bylo symptomatických a 41,1 % fytoplazma-pozitivních vzorků nevykazovalo symptomy. Korelace mezi imp genotypem ´Candidatus Phytoplasma mali´ a typem symptomů nebyla též prokázána.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

10609 - Biochemical research methods

Project

<a href="/en/project/LO1608" target="_blank" >LO1608: Research Pomological Centre</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

0231-6900

e-ISSN

—

Volume of the periodical

—

Issue of the periodical within the volume

26

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

8

Pages from-to

117-124

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—