Application of genetic markers for identity verification of apricots

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F20%3AN0000038" target="_blank" >RIV/25271121:_____/20:N0000038 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Využití genetických markerů pro ověření odrůdové identity meruněk

Original language description

Meruňka obecná (Prunus armeniaca L.) patří mezi jeden z nejoblíbenějších ovocných druhů. Ve světě tudíž existují stovky odrůd, každý rok jsou registrovány nově vyšlechtěné odrůdy a navíc jsou množeny a distribuovány desítky tisíc kusů stromů, jejichž pravost je třeba ověřovat. Klasický způsob ověření pravosti odrůdy založený na několikaletém fenologickém hodnocení může být značně zjednodušen a urychlen využitím molekulárních metod. V současné době jsou nejpoužívanějšími markery pro genotypizaci tzv. SSR markery, fungující na principu délkové odlišnosti těchto sekvencí mezi jednotlivými odrůdami. Jelikož neexistuje standardizovaná identifikační sada genetických markerů, zaměřili jsme se v naší práci na vývoj sady SSR markerů pro spolehlivou identifikaci existujících odrůd meruněk. Pro první kolo selekce bylo z literatury vybráno 48 SSR markerů, jejichž rozlišovací schopnost byla testována fragmentační analýzou na kapilárním genetickém analyzátoru na 24 odrůdách. Na základě počtu alel, frekvence jejich výskytu, očekávané heterozygocity, pozorované heterozygocity a dalších parametrů, bylo pro druhé kolo analýz vybráno 24 SSR markerů. Fragmentační analýzy byly tentokrát provedeny na celkem 53 odrůdách meruněk. Na základě výše uvedených parametrů bylo vybráno 16 nejheterogennějších SSR markerů rovnoměrně zastoupených na všech chromozómech. Pravděpodobnost identity mezi dvěma nepříbuznými jedinci byla pouze 6,45 x 10-20, rozlišovací schopnost vybrané sady SSR markerů je tedy velmi dobrá. Vybraná sada SSR markerů je tak vhodná pro rutinní a velmi rychlou identifikaci odrůd meruňky obecné.

Czech name

Využití genetických markerů pro ověření odrůdové identity meruněk

Czech description

Meruňka obecná (Prunus armeniaca L.) patří mezi jeden z nejoblíbenějších ovocných druhů. Ve světě tudíž existují stovky odrůd, každý rok jsou registrovány nově vyšlechtěné odrůdy a navíc jsou množeny a distribuovány desítky tisíc kusů stromů, jejichž pravost je třeba ověřovat. Klasický způsob ověření pravosti odrůdy založený na několikaletém fenologickém hodnocení může být značně zjednodušen a urychlen využitím molekulárních metod. V současné době jsou nejpoužívanějšími markery pro genotypizaci tzv. SSR markery, fungující na principu délkové odlišnosti těchto sekvencí mezi jednotlivými odrůdami. Jelikož neexistuje standardizovaná identifikační sada genetických markerů, zaměřili jsme se v naší práci na vývoj sady SSR markerů pro spolehlivou identifikaci existujících odrůd meruněk. Pro první kolo selekce bylo z literatury vybráno 48 SSR markerů, jejichž rozlišovací schopnost byla testována fragmentační analýzou na kapilárním genetickém analyzátoru na 24 odrůdách. Na základě počtu alel, frekvence jejich výskytu, očekávané heterozygocity, pozorované heterozygocity a dalších parametrů, bylo pro druhé kolo analýz vybráno 24 SSR markerů. Fragmentační analýzy byly tentokrát provedeny na celkem 53 odrůdách meruněk. Na základě výše uvedených parametrů bylo vybráno 16 nejheterogennějších SSR markerů rovnoměrně zastoupených na všech chromozómech. Pravděpodobnost identity mezi dvěma nepříbuznými jedinci byla pouze 6,45 x 10-20, rozlišovací schopnost vybrané sady SSR markerů je tedy velmi dobrá. Vybraná sada SSR markerů je tak vhodná pro rutinní a velmi rychlou identifikaci odrůd meruňky obecné.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2020

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Úroda

ISSN

0139-6013

e-ISSN

—

Volume of the periodical

—

Issue of the periodical within the volume

12

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

8

Pages from-to

85-92

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—