Genetic variability of Blackcurrant reversion virus (BRV) and Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) in the Czech Republic

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F21%3AN0000127" target="_blank" >RIV/25271121:_____/21:N0000127 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf" target="_blank" >https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Genetická variabilita virů rybízu Blackcurrant reversion virus (BRV) a Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) v České republice

Original language description

BRV a GVBaV patří celosvětově mezi nejvýznamnější viry ovlivňující produkci rybízu. Předmětem této práce je studium genetické variability virů rybízu Blackcurrant reversion virus (BRV) a Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) na území České republiky. U BRV byla pro srovnání použita 3’UTR oblast a pro GVBaV byla analyzována oblast ORF3. Celkem se z RT-PCR pozitivních vzorků na přítomnost viru BRV (103) a GVBaV (82) podařilo získat 155 sekvencí (74 BRV; 81 GVBaV). Na základě fylogenetických analýz vytvořených programem MEGA X bylo definováno 38 různých genotypů viru BRV a 30 různých genotypů viru GVBaV, které byly u obou virů rozděleny do dvou hlavních klastrů (A a B) a následně podskupin (A1 a A2, v případě BRV i B1 a B2). Nejčastěji se vyskytujícím genotypem viru BRV byl genotyp B2.16 (33,8 % izolátů), v případě viru GVBaV to byl genotyp B.4 (26,3 % izolátů). Celkově byla vnitrodruhová variabilita viru BRV vyšší než u GVBaV. BRV byl nejčastěji detekován v produkčních výsadbách (84,2 % pozitivních rostlin), virus GVBaV (74,2 %) naopak výrazně dominoval v neprodukčních výsadbách. Nejčastějším hostitelem pro BRV byl černý rybíz, GVBaV byl častěji nalezen u červeného a bílého rybízu.

Czech name

Genetická variabilita virů rybízu Blackcurrant reversion virus (BRV) a Gooseberry vein banding associated virus (GVBaV) v České republice

Czech description

—

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

10607 - Virology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2021

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

2695-1347

e-ISSN

—

Volume of the periodical

27

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

11

Pages from-to

14-24

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—