Development and validation of a diagnostic real-time PCR system for Olive latent virus 1 (OLV-1) detection in strawberry plants

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F25271121%3A_____%2F21%3AN0000132" target="_blank" >RIV/25271121:_____/21:N0000132 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf" target="_blank" >https://vpovsuo.cz/wp-content/uploads/2021/11/1_Valentova_VPO27_2_21.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Vývoj a validace diagnostického real-time PCR systému pro detekci Olive latent viru 1 (OLV-1) v rostlinách jahodníku

Original language description

Přirozeným hostitelem viru Olive latent virus 1 (OLV-1) je olivovník (Olea europaea L.), dále byl výskyt tohoto viru potvrzen ještě v rostlinách citrusů, v tulipánech a v rajčatech. OLV-1 byl nově nalezen v rostlinách jahodníku metodou sekvenování nové generace (Next generation Sequencing; NGS), a proto byl navržen diagnostický systém na principu real-time PCR pro jeho rutinní detekci. Navržený detekční systém byl validován podle standardu vydaného Evropskou organizací na ochranu rostlin (EPPO) PM 7/98 (4), aby mohl být používán v akreditovaných laboratořích. V rámci validace byly pomocí syntetického standardu stanoveny výkonnostní parametry diagnostického PCR systému – specificita, senzitivita, opakovatelnost a reprodukovatelnost. Na základě analýzy dostupných sekvencí viru OLV-1 a vlastního sekvenování byly navrženy primery a sonda tak, aby PCR systém detekoval pouze popsané izoláty OLV-1 (specificita 100 %). Senzitivita detekce byla stanovena na 50 kopií na reakci; koncentrace 500 kopií na reakci byla použita jako limitní ředění pro stanovení dalších parametrů. Opakovatelnost měřená variačním koeficientem byla 1,05 % a reprodukovatelnost vyjádřená variačním koeficientem byla 1,08 %. Získané parametry prokázaly funkčnost a spolehlivost real-time PCR detekčního systému a jeho uplatnitelnost pro validní detekci OLV-1 v rostlinách jahodníku v akreditovaných laboratořích.

Czech name

Vývoj a validace diagnostického real-time PCR systému pro detekci Olive latent viru 1 (OLV-1) v rostlinách jahodníku

Czech description

—

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

10607 - Virology

Project

<a href="/en/project/QK1920245" target="_blank" >QK1920245: Research of spreading, biological characteristics and harmfulness of viruses identified in strawberry using newest diagnostic methods (NGS, PCR) as a basis for legislation</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2021

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Vědecké práce ovocnářské

ISSN

2695-1347

e-ISSN

—

Volume of the periodical

27

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

13

Pages from-to

1-13

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—