ITM-BIOCHIP

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F26505142%3A_____%2F26%3AN0000001" target="_blank" >RIV/26505142:_____/26:N0000001 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

ITM-BIOCHIP

Original language description

ITM-biočip je určený pro stanovení intratumorálního mikrobiomu, tedy pro detekci mikrobů v nádorových tkáních, relevantních bakterií a virů s ohledem na volbu vhodné léčby (nádorové imunoterapie, ATB, ad.).

Czech name

ITM-BIOCHIP

Czech description

—

Type

G_funk - Functional sample

CEP classification

—

OECD FORD branch

30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])

Project

<a href="/en/project/FW10010249" target="_blank" >FW10010249: New diagnostic tool for the determination of the intratumoral microbiome</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2026

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

FW10010249-V1

Numerical identification

—

Technical parameters

Platforma ITM-BIOCHIP byla vyvinuta jako diagnostický nástroj pro cílenou detekci intratumorálního mikrobiomu v nádorové tkáni se zaměřením na onkologické pacienty po operaci nádorů ledvin a zhoubných nádorů ORL oblasti. Návrh panelu cílových bakterií vychází přímo z výsledků 16S rRNA sekvenování (Oxford Nanopore) provedeného v rámci sekvenačních analýz projektu, nikoli z obecných mikrobiomových databází, čímž je zajištěna klinická relevance vybraných taxonů. Cílový panel zahrnuje bakteriální druhy opakovaně detekované v nádorové tkáni ledvin a dutiny ústní, zejména Cutibacterium acnes s prokázaným imunomodulačním potenciálem a taxony asociované s nepříznivým prognostickým profilem, jako Ralstonia pickettii a Sphingomonas paucimobilis. Pro každý cílový druh byly navrženy specifické oligonukleotidové primery a hybridizační sondy s biotinylační úpravou reverzního primeru, umožňující zachycení amplikonu na streptavidinové matrici čipu. Princip detekce je založen na třech krocích: generaci biotinylovaných amplikonů pomocí PCR, jejich zachycení na čipové platformě prostřednictvím streptavidin-biotinové vazby po tepelné denaturaci, a fluorescenční kvantifikaci pomocí streptavidin-Cy3/Cy5 konjugátu se skenováním na fluorescenčním skeneru. Tento přístup umožňuje semikvantitativní až kvantitativní stanovení relevantních mikrobů s využitím kalibrační křivky konstruované ze standardů se známým počtem kopií. Čip byl ověřen na souboru charakterizovaných nádorových vzorků s pre-amplifikačním krokem specifickým pro oblast 16S rRNA genu cílových bakterií. Pilotní validace prokázala schopnost čipu spolehlivě detekovat přítomnost i nízké množství cílových bakterií v nízko-biomasových nádorových vzorcích, což představuje metodicky náročný aspekt vzhledem k riziku kontaminace ze zdravotnického prostředí. Součástí funkčního vzorku je rovněž standardizovaný laboratorní manuál pro klinické laboratoře popisující kompletní pracovní postup od příjmu biopsie přes mechanickou homogenizaci a izolaci DNA až po PCR detekci cílových taxonů. ITM-BIOCHIP řeší aktuální potřebu klinicky využitelného nástroje pro monitoring intratumorálních mikrobů s relevancí pro volbu léčby, zejména nádorové imunoterapie a antibiotické terapie, a vytváří metodický základ pro budoucí rozšíření na další typy solidních nádorů.

Economical parameters

Výsledek ITM-BIOCHIP bude ekonomicky využíván prostřednictvím poskytování specializovaných diagnostických, analytických a výzkumných služeb zaměřených na identifikaci mikrobiálních biomarkerů asociovaných s nádorovými onemocněními. Zavedení biočipové platformy do laboratorní praxe umožní rozšíření portfolia služeb příjemce, zvýšení efektivity zpracování vzorků a posílení spolupráce s klinickými a výzkumnými pracovišti. Očekává se nárůst příjmů z laboratorních analýz a smluvního výzkumu, vznik nových obchodních příležitostí v oblasti molekulární diagnostiky a vytvoření technologického základu pro navazující vývoj dalších diagnostických nástrojů. Výsledek přispěje ke zvýšení konkurenceschopnosti příjemce a k efektivnímu transferu výsledků výzkumu a vývoje do klinické a aplikační praxe.

Application category by cost

—

Owner IČO

26505142

Owner name

ESSENCE LINE, s.r.o.

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

P - Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence

Licence fee requirement

Z - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje v některých případech licenční poplatek

Web page

—