SportChip

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F26739488%3A_____%2F20%3AN0000002" target="_blank" >RIV/26739488:_____/20:N0000002 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Sportčip

Original language description

Podstata technického řešení SportČipu spočívá v návrhu a výrobě nového typu microarray s kvantitativním spektroskopickým stanovením fluorescence. Principem je interakce krátkých vybraných úseků DNA, které jsou imobilizovány na aktivované matrici s jejich komplementárními fluorescenčně značenými sondami a detekují vybrané SNP.

Czech name

Sportčip

Czech description

—

Type

G_prot - Prototype

CEP classification

—

OECD FORD branch

30306 - Sport and fitness sciences

Project

<a href="/en/project/FV30421" target="_blank" >FV30421: GenomKit - Progressive technology for the rationalization of personalized pharmacogenomics, nutrigenomics and sports medicine</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2020

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

FV30421003

Numerical identification

—

Technical parameters

Podstata technického řešení SportČipu spočívá v návrhu a výrobě nového typu microarray s kvantitativním spektroskopickým stanovením fluorescence. Principem je interakce krátkých vybraných úseků DNA, které jsou imobilizovány na aktivované matrici s jejich komplementárními fluorescenčně značenými sondami a detekují vybrané SNP. Prototyp je tvořen aktivovanou matricí pro imobilizaci DNA 25x75mm, 255 sekvencí genů relevantních pro sportovní genomiku a kontrolní sekvence pro microarray je reprezentováno imobilizovanými krátkými úseky DNA. Ten byl vytvořen použitím tiskového robotu NanoPrint™ (Arrayit) s použitím tiskové hlavy a pinů SMP3 (Telechem). Geometrie rozmístění spotů na čipu může být značně rozdílná v závislosti na počtu zvolených sekvencí, pro výtisk tohoto vzorku bylo použito rozmístění do 2 sub polí 600 μm od sebe vzdálených po 8 blocích, v každém bloku jsou spoty 10x10 s mezerou 375 μm a každý loci a kontroly jsou vytištěny v pěti opakováních v podobě spotu o průměru přibližně 100 μm (možná variabilita), včetně míst pro přidání nových sond. Výše zmíněné parametry microarray a dále informace k identifikaci pozic jednotlivých vzorků na substrátu jsou obsaženy v tzv. GAL souboru (obr.1 a 2). Po výtisku je microarray podroben kontrole kvality a následně hybridizován se sondami (2-2,5 μl/cm2) pocházejícími ze vzorků DNA jednotlivců a to při optimalizované teplotě. Vyhodnocení probíhá pomocí fluorescenčního skeneru (v našem případě GenePix® 4000B (Molecular Devices) pouze v zeleném detekčním kanálu (λ=532nm)). DNA sekvence pro výtisk byly připraveny o koncentraci 0,1-1 μg/ μl, kontroly o koncentraci 1-50 μM. Z intenzity signálu byly určeny koeficienty pro genotypy odpovídající homo/heterozygotnosti pro dané SNP. Obrázek 1:

Economical parameters

Poslední genomické poznatky a technologie poskytují nástroje ke zefektivnění doporučení sportovcům na základě genomických znalostí na populační úrovni. Současné výsledky a zkušenosti s využíváním genomických nástrojů, DNA markerů, zejména jedno-nukleotidových polymorfismů, a konstrukce multimarkerových DNA čipů může přinést akceleraci sportovních výkonů dle jejich individuálního genomického profilu určeného na základě genotypizace, nebo určení predispozice k jednotlivým typům sportu. Použitím nového čipu budou stávající technologické postupy významně modernizovány a zefektivněny. Vysokokapacitní genomický screening představuje velmi slibný a užitečný nástroj ke stanovení a efektivní analýzu markerů statisticky významných na úrovni populací. Jedním z možných přístupů je právě využití microarrays (čipů).

Application category by cost

—

Owner IČO

26739488

Owner name

MEDIWARE a.s.

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

V - Výsledek je využíván vlastníkem

Licence fee requirement

A - Poskytovatel licence na výsledek požaduje licenční poplatek

Web page

—