IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F27225712%3A_____%2F22%3AN0000001" target="_blank" >RIV/27225712:_____/22:N0000001 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="http://www.iabio.eu" target="_blank" >http://www.iabio.eu</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Original language description

Prototyp komplexního diagnostického řešení, které umožňuje rozsáhlé sekvenování vzorků lidské DNA na základě technologie „Next-Generation Sequencing“ (NGS) za účelem získání kompletní informace (sekvence) lidského genomu. Toto řešení zahrnuje postupy od kontroly kvality vstupních vzorků, přes přípravu a sekvenaci WGS knihoven, až po bioinformatickou analýzu. Technické řešení se týká oblasti molekulární biologie, konkrétně analýzy lidského genomu s využitím sekvenačních dat, která jsou generována prostřednictvím technologie „Next-Generation Sequencing“ (NGS). V posledních letech dochází k jedné z nejdůležitějších změn ve zdravotnictví, a to prostřednictvím neustále se rozšiřujícího používání personalizovaných postupů terapie pro široké spektrum nemocí. Vzhledem k povaze takovéto terapie je klíčovou metodou genomová sekvenace a navazující analýzy dat, které nám umožňují analýzu celého genomu. Posláním sekvenace ve spojení s bioinformatikou je identifikovat genetický základ onemocnění u jedince, v rámci rodiny nebo skupin lidí v populaci. Pro diagnostické, a především terapeutické účely je pak zásadní celogenomový přístup, který umožní získat komplexní informaci nejen o povaze choroby, ale také o citlivosti na terapii či analýzu rizik spojených s určitou terapií. Part 1: IAB DNA Quantification Control Set – určený pro kontrolu kvality vstupních vzorků - Obsahuje reagencie pro kvantitativní analýzu vstupních vzorků. Part 2: IAB Library Preparation Set – určený pro přípravu celogenomových WGS knihoven - Obsahuje magnetické kuličky pro velikostní selekci fragmentů. - Obsahuje univerzální adaptory pro přípravu knihoven DNA pro sekvenování s jedním čtením, s párovaným koncem a indexované sekvenování. Part 3: IAB NGS Library Quality Control Set – určený pro kontrolu kvality připravených NGS knihoven - Obsahuje reagencie pro stanovení koncentrace připravených NGS knihoven. - Obsahuje reagencie pro stanovení průměrné velikosti fragmentů připravených NGS knihoven. Part 4: IAB Sequencing Set – určený k sekvenaci celogenomových WGS knihoven - Obsahuje reagencie a komponenty potřebné ke spuštění sekvenace na přístroji NovaSeq 6000.

Czech name

IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Czech description

—

Type

G_prot - Prototype

CEP classification

—

OECD FORD branch

30502 - Other medical science

Project

<a href="/en/project/EG16_084%2F0010360" target="_blank" >EG16_084/0010360: ENIGMA CZ - Czech National Genomic Map</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2022

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

IAB WHOLE GENOME SEQUENCING KIT

Numerical identification

000000001A

Technical parameters

Hodnocené a parametry a nastavené limitní hodnoty Kontrolní bod Hodnocený parametr 1. Kontrola kvality Limitní hodnoty Koncentrace vstupních vzorků A260/280 1,6 – 2,1 c > 20 ng/µl Množství DNA Integrita gDNA > 1000 ng 2. Kontrola kvality WGS knihoven > 10 kbp Koncentrace knihovny c > 4 nM Průměrná velikost fragmentů 800-1000 bp Počet čtených klastrů (PF) Hustota klastrů = 2961 K/mm2 > 70% Kvalita sekvenování (Q30) > 85% 3.Kontrola sekvenace Obsazenost flow cell Velikost výstupních dat 90-98% > 2400 Gbp Obsah PhiX Chybovost 0,2 – 1 % ≤0,4% Kontrola kvality vstupních vzorků: Kontrola čistoty izolátů gDNA byla provedena na přístroji Nanodrop, kde byl sledován poměr absorbance při vlnové délce 260 nm a 280 nm. Jako blank byla zvolena DEPC-water. Zvolený limit výsledné hodnoty se měl pohybovat v rozmezí 1,6 – 2,1. Kvantita vstupních vzorků byla posouzena na základě fluorometrického měření koncentrace na přístroji Qubit. Zvolený limit výsledných hodnot byl stanoven na minimální koncentraci c >20 ng/µl, objem vstupního materiálu V >55 µl a celkové množství gDNA 1000 ng. Poslední sledovaný parametr je integrita gDNA. Integrita byla naměřená na gelové elektroforéze, kdy zvolený limit byl > 10 kbp. Posouzení kvantity připravených knihoven bylo realizováno pomocí fluorometrického měření koncentrace na přístroji Qubit. Zvolený limit koncentrace celogenomových knihoven byl nastaven na c > 4 nM. Velikost fragmentů byla naměřena za pomocí kapilární elektroforézy na přístroji Agilent Bioanalyzer 2100. Zvolený limit průměrné velikosti fragmentů byl 800-1000 bp. Připravené celogenomové WGS knihovny byly sekvenovány na přístroji NovaSeq 6000.

Economical parameters

Závěr: Splněno • Sekvenace všech typů izolátů proběhla v pořádku. Základní parametry sekvenace splňují nastavené limity. • V rámci technické dokumentace byla potvrzena funkční způsobilost kitu IAB Whole Genome Sequencing.

Application category by cost

—

Owner IČO

27225712

Owner name

Institute of Applied Biotechnologies a.s.

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

V - Výsledek je využíván vlastníkem

Licence fee requirement

Z - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje v některých případech licenční poplatek

Web page

www.iabio.eu