First experiences with detection of the tcdB gene of Clostridioides difficile using Simplexa C. difficile Direct Kit

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F27283933%3A_____%2F19%3A00006658" target="_blank" >RIV/27283933:_____/19:00006658 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31266088" target="_blank" >https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31266088</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

První zkušenosti s detekcí tcdB genu Clostridioides difficile pomocí Simplexa C. difficile Direct Kit

Original language description

Cíl práce: Clostridioides difficile (dříve Clostridium difficile) je jedním z hlavních původců nozokomiálních nákaz současnosti. Kolonizuje střevo pacientů s antibiotickou léčbou a způsobuje nepříjemné až život ohrožující stavy (průjmy, toxické megakolon). Správná a rychlá detekce toxigenity kmene je zásadní pro terapii a izolační režim pacienta. Simplexa C. difficile Direct Kit je real-time PCR souprava detekující tcdB gen C. difficile. Souprava nevyžaduje izolaci DNA a do reakce je použit přímo eluát stolice. Cílem této práce bylo ověření analytických vlastností soupravy za podmínek použití ve třetím diagnostickém kroku (došetření vzorků s nejasnými výsledky). Jako referenční metoda byla použita kultivace s následnou multiplexní in-house PCR. Materiál a metody: Prospektivně bylo testováno 130 vzorků neformované stolice dvěma druhy imunoenzymatických souprav (C. diff Quik Chek Complete a LIAISON C. difficile GDH, C. difficile Toxins A&B). Třicet vzorků mělo nejasné (GDH TOX-, GDH-TOX ) výsledky alespoň jedním testem a jeden vzorek měl výsledky testů opačné (GDH-TOX- / GDH TOX ). Tyto vzorky byly kultivovány a testovány pomocí multiplexní in-house PCR a soupravou Simplexa. Výsledky: Souprava Simplexa dosáhla shodných výsledků s kultivací a následnou in-house PCR. Senzitivita, specificita, pozitivní prediktivní hodnota a negativní prediktivní hodnota byla ve vztahu k referenční metodě 100%. Vedlejším výsledkem této studie bylo porovnání soupravy C. diff Quik Chek Complete se soupravami LIAISON C. difficile GDH a LIAISON C. difficile Toxins A&B. Závěr: Analytické vlastnosti soupravy Simplexa byly testovány na 31 vzorcích. Tyto vzorky byly vybrány pro své nejasné (GDH TOX-, GDH-TOX ) nebo rozdílné výsledky po testování imunoenzymatickými metodami. V porovnání s kultivací a následnou in-house PCR detekcí genu tcdB, dosáhla souprava Simplexa vlastností deklarovaných výrobcem. Významným pozitivem soupravy byla absence inhibicí při přímém použití eluátu stolice do PCR reakce.

Czech name

První zkušenosti s detekcí tcdB genu Clostridioides difficile pomocí Simplexa C. difficile Direct Kit

Czech description

Cíl práce: Clostridioides difficile (dříve Clostridium difficile) je jedním z hlavních původců nozokomiálních nákaz současnosti. Kolonizuje střevo pacientů s antibiotickou léčbou a způsobuje nepříjemné až život ohrožující stavy (průjmy, toxické megakolon). Správná a rychlá detekce toxigenity kmene je zásadní pro terapii a izolační režim pacienta. Simplexa C. difficile Direct Kit je real-time PCR souprava detekující tcdB gen C. difficile. Souprava nevyžaduje izolaci DNA a do reakce je použit přímo eluát stolice. Cílem této práce bylo ověření analytických vlastností soupravy za podmínek použití ve třetím diagnostickém kroku (došetření vzorků s nejasnými výsledky). Jako referenční metoda byla použita kultivace s následnou multiplexní in-house PCR. Materiál a metody: Prospektivně bylo testováno 130 vzorků neformované stolice dvěma druhy imunoenzymatických souprav (C. diff Quik Chek Complete a LIAISON C. difficile GDH, C. difficile Toxins A&B). Třicet vzorků mělo nejasné (GDH TOX-, GDH-TOX ) výsledky alespoň jedním testem a jeden vzorek měl výsledky testů opačné (GDH-TOX- / GDH TOX ). Tyto vzorky byly kultivovány a testovány pomocí multiplexní in-house PCR a soupravou Simplexa. Výsledky: Souprava Simplexa dosáhla shodných výsledků s kultivací a následnou in-house PCR. Senzitivita, specificita, pozitivní prediktivní hodnota a negativní prediktivní hodnota byla ve vztahu k referenční metodě 100%. Vedlejším výsledkem této studie bylo porovnání soupravy C. diff Quik Chek Complete se soupravami LIAISON C. difficile GDH a LIAISON C. difficile Toxins A&B. Závěr: Analytické vlastnosti soupravy Simplexa byly testovány na 31 vzorcích. Tyto vzorky byly vybrány pro své nejasné (GDH TOX-, GDH-TOX ) nebo rozdílné výsledky po testování imunoenzymatickými metodami. V porovnání s kultivací a následnou in-house PCR detekcí genu tcdB, dosáhla souprava Simplexa vlastností deklarovaných výrobcem. Významným pozitivem soupravy byla absence inhibicí při přímém použití eluátu stolice do PCR reakce.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10606 - Microbiology

Project

—

Continuities

V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů