Mining of publicly available RNA-seq data of opium poppy for de novo transcriptome assembly

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12220%2F18%3A43897600" target="_blank" >RIV/60076658:12220/18:43897600 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Sestavení de novo transkriptomu máku setého za využití veřejně dostupných RNA-seq dat

Original language description

Velmi rychlý nebo nebývalý rozvoj ve vývoji high throughput RNA sekvenování umožnil rychlou a finančně výhodnou metodu k zisku velkého množství sekvenačních dat. Tato data mohou být použita pro charakterizaci transkriptomu u jakéhokoliv organismu, u něhož není známa genomová sekvence. V této studii jsme se za použití veřejně dostupných dat z databáze NCBI pokusili o sestavení de novo transkriptomu máku setého (Papaver somniferum), u kterého dosud není známa jeho genomová sekvence. Za použití čtyř souborů RNA-seq dat o celkové délce přibližně 138G bází jsme sestavili 68635 potenciálních genů a 122548 transkriptů máku setého. Následně jsme sestavený transkriptom validovali.

Czech name

Sestavení de novo transkriptomu máku setého za využití veřejně dostupných RNA-seq dat

Czech description

Velmi rychlý nebo nebývalý rozvoj ve vývoji high throughput RNA sekvenování umožnil rychlou a finančně výhodnou metodu k zisku velkého množství sekvenačních dat. Tato data mohou být použita pro charakterizaci transkriptomu u jakéhokoliv organismu, u něhož není známa genomová sekvence. V této studii jsme se za použití veřejně dostupných dat z databáze NCBI pokusili o sestavení de novo transkriptomu máku setého (Papaver somniferum), u kterého dosud není známa jeho genomová sekvence. Za použití čtyř souborů RNA-seq dat o celkové délce přibližně 138G bází jsme sestavili 68635 potenciálních genů a 122548 transkriptů máku setého. Následně jsme sestavený transkriptom validovali.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Project

<a href="/en/project/QK1810391" target="_blank" >QK1810391: Utilization of genomic and transcriptomic approaches to create genetic resources and breeding materials of poppy with specific traits</a><br>

Continuities

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Publication year

2018

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Úroda

ISSN

0139-6013

e-ISSN

—

Volume of the periodical

12

Issue of the periodical within the volume

LXVI

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

4

Pages from-to

135-138

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—