Design and optimization of primers for the detection of Ralstonia solanacearum by loop-mediated isothermal amplification
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12220%2F18%3A43897618" target="_blank" >RIV/60076658:12220/18:43897618 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Návrh a optimalizace primerů pro detekci Ralstonia solanacearum metodou loop-mediated isothermal amplification
Original language description
Cílem této práce bylo navrhnout sadu primerů pro metodu loop-mediated isothermal amplification (LAMP), která je specifická pro fytopatogenní bakterii Ralstonia solanacearum. Specifita primerů umožnuje metodě LAMP rozlišit Ralstonia solanacearum od ostatních fytopatogenních bakterií napadající rajče, papriku a brambor. Za pomoci této metody lze rychle detekovat a identifikovat bakterie. Geny byly vybrány pomocí databáze NCBI a následně byla porovnávána jejich odlišnost v programu MEGA 7. Primery byly navržené tak, aby odpovídaly specifickým úsekům genu fliC, u kterého bylo nalezeno nejvíce odlišností od ostatních bakterií. Návrh primerů byl proveden v programu Primer Exploler V4 za předem definovaných podmínek a kritérií. Specifita primerů byla testována pomocí programu NCBI Blast. Primery F3 a B3 byly testovány laboratorně pomocí metody PCR.
Czech name
Návrh a optimalizace primerů pro detekci Ralstonia solanacearum metodou loop-mediated isothermal amplification
Czech description
Cílem této práce bylo navrhnout sadu primerů pro metodu loop-mediated isothermal amplification (LAMP), která je specifická pro fytopatogenní bakterii Ralstonia solanacearum. Specifita primerů umožnuje metodě LAMP rozlišit Ralstonia solanacearum od ostatních fytopatogenních bakterií napadající rajče, papriku a brambor. Za pomoci této metody lze rychle detekovat a identifikovat bakterie. Geny byly vybrány pomocí databáze NCBI a následně byla porovnávána jejich odlišnost v programu MEGA 7. Primery byly navržené tak, aby odpovídaly specifickým úsekům genu fliC, u kterého bylo nalezeno nejvíce odlišností od ostatních bakterií. Návrh primerů byl proveden v programu Primer Exploler V4 za předem definovaných podmínek a kritérií. Specifita primerů byla testována pomocí programu NCBI Blast. Primery F3 a B3 byly testovány laboratorně pomocí metody PCR.
Classification
Type
J<sub>ost</sub> - Miscellaneous article in a specialist periodical
CEP classification
—
OECD FORD branch
40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology
Result continuities
Project
—
Continuities
S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Others
Publication year
2018
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Úroda
ISSN
0139-6013
e-ISSN
—
Volume of the periodical
12
Issue of the periodical within the volume
LXVI
Country of publishing house
CZ - CZECH REPUBLIC
Number of pages
4
Pages from-to
243-246
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—