Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP)--user-oriented transcriptomic database with easy-to-use graphic interface.

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12310%2F07%3A00008814" target="_blank" >RIV/60076658:12310/07:00008814 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP)--user-oriented transcriptomic database with easy-to-use graphic interface.

Original language description

Microarray technologies now belong to the standard functional genomics toolbox and have undergone massive development leading to increased genome coverage, accuracy and reliability. The number of experiments exploiting microarray technology has markedlyincreased in recent years followed by rapid accumulation of transcriptomic data. Global statistical data analysis methods contribute to the development of overall concepts about gene expression patterns and to query and compose working hypotheses. We present a curated gene family-oriented gene expression database, Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP; http://agfp.ueb.cas.cz), which gives the user access to a large collection of normalised Affymetrix ATH1 microarray datasets. The database currently contains NASC Array and AtGenExpress transcriptomic datasets for various tissues at different developmental stages of wild type plants gathered from nearly 350 gene chips.

Czech name

Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP) - uživatelsky orientovaná transkriptomická databáze s přehledným grafickým rozhraním

Czech description

Microaray technologie patří ke standardním nástrojům funkční genomiky, jež prošly masivním rozvojem vedoucím ke zvýšení pokrytí genomu, přesnosti a spolehlivosti. Počet experimentů užívajících microarray technologie v posledních letech výrazně vzrostl snáslednou akumulací transkriptomických dat. Globální statistické analýzy dat přispěly k poznání genové exprese a stanovení pracovních hypotéz. V příspěvku prezentujeme databázi expresních dat se zaměřením na genové rodiny, Arabidopsis Gene Family Profiler (aGFP; http://agfp.ueb.cas.cz), která uživatelům umožňuje přístup k rozsáhlému souboru normalizovných expresních dat z Affymetrix ATH1 microarray. V současné době databáze obsahuje transkripromická data z téměř 350 genových čipů z NASC Aray and AtGenExpress pro množství pletiv během různých vývojových stádií divokých rostlin.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Plant Biology

ISSN

1435-8603

e-ISSN

—

Volume of the periodical

7

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

1

Pages from-to

39

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—