Control software of the NanoTruth microscope

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60076658%3A12520%2F19%3A43899673" target="_blank" >RIV/60076658:12520/19:43899673 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Řídící software mikroskopu NanoTruth

Original language description

Cílem projektu bylo konsolidovat některé algoritmy, které se používají při řízení mikroskopu NanoTruth a zpracování obrazu z něj. Podařilo se sestavit celý řídící software mikroskopu, který umožňuje řadu unikátních sběrů dat, z nichž nejnáročnější je časosběrná série proostřených snímků. Mikroskop má unikátní konstrukci s důrazem na co nejlepší mechanické řešení. Využívá také 47Mpix kameru, kterou zatím nepoužívá žádný mikroskop na světě. Software pracuje v operačním systému Linux implementovaném na mikro-superpočítač Jetson Xavier firmy Nvidia. Je možná nastavit expozici kamery, napětí na vysoce výkonné LED diodě, vyhledat pozice rovin zaostření a odhadnout jeho rozsah a nastavit rozsah z-scanu. Řízení kamery spočívá především v nastavení správné expozice. V horním pravém rohu je umístěn histogram, který se používá k nastavení rozsahu intenzit. Lze jej ale použít i k odhadu roviny zaostření, kdy se využívá faktu, že v rovině zaostření je rozdělení intenzit nejodlišnější od normálního rozdělení. Je umožněno řízení intenzity světla. Intermitentní světlo je zapnuto jen v době snímání a tím se minimalizuje poškození vzorku. Přes velmi vysokou intenzitu světla dosaženou na diodě je integrální množství dopadající energie menší než u běžné mikroskopie se stálým osvětlením.

Czech name

Řídící software mikroskopu NanoTruth

Czech description

Cílem projektu bylo konsolidovat některé algoritmy, které se používají při řízení mikroskopu NanoTruth a zpracování obrazu z něj. Podařilo se sestavit celý řídící software mikroskopu, který umožňuje řadu unikátních sběrů dat, z nichž nejnáročnější je časosběrná série proostřených snímků. Mikroskop má unikátní konstrukci s důrazem na co nejlepší mechanické řešení. Využívá také 47Mpix kameru, kterou zatím nepoužívá žádný mikroskop na světě. Software pracuje v operačním systému Linux implementovaném na mikro-superpočítač Jetson Xavier firmy Nvidia. Je možná nastavit expozici kamery, napětí na vysoce výkonné LED diodě, vyhledat pozice rovin zaostření a odhadnout jeho rozsah a nastavit rozsah z-scanu. Řízení kamery spočívá především v nastavení správné expozice. V horním pravém rohu je umístěn histogram, který se používá k nastavení rozsahu intenzit. Lze jej ale použít i k odhadu roviny zaostření, kdy se využívá faktu, že v rovině zaostření je rozdělení intenzit nejodlišnější od normálního rozdělení. Je umožněno řízení intenzity světla. Intermitentní světlo je zapnuto jen v době snímání a tím se minimalizuje poškození vzorku. Přes velmi vysokou intenzitu světla dosaženou na diodě je integrální množství dopadající energie menší než u běžné mikroskopie se stálým osvětlením.

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Project

<a href="/en/project/TG03010027" target="_blank" >TG03010027: Strengthening proof-of-concept activities at the University of South Bohemia</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

NanoTruth

Technical parameters

Více na http://www.auc.cz/software/doc/nanotruth.pdf. Osoba odpovědná pro jednání: Ing. Renata Rychtáriková, FROV JČU, Zámek 136, 373 33 Nové Hrady, email: rrychtarikova@frov.jcu.cz, telefon: +420 38777 3833

Economical parameters

Jako součást mikroskopu NanoTruth je předpokládaný zisk desítky mil. EUR/rok.

Owner IČO

60076658

Owner name

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích, Fakulta rybářství a ochrany vod