Detection of microorganisms in soil and Miocene sediment using CARD-FISH method (Catalyzed Reporter Deposition ? Fluorescence in situ Hybridization)

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F09%3A00352505" target="_blank" >RIV/60077344:_____/09:00352505 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)

Original language description

Pomocí metody CARD-FISH (catalyzed reporter deposition ? fluorescence in situ hybridization) bylo detekováno zastoupení specifických skupin prokaryot (Domény: Archea a Bacteria, Kmeny: Actinobacteria a Firmicutes; methanotrofní bakterie I a II typu) ve dvou odlišných prostředích: v půdě podhorských pastvin (farma Borová, Česká republika) a v miocenním sedimentu (hnědouhelný lom, Sokolov, Česká republika). Výsledky byly porovnány s celkovým počtem bakterií (DAPI) a počtem kolonií bakterií (CFU). Metoda CARD-FISH se ukázala vhodnou pro detekci mikroorganismů v půdě podhorských pastvin. Avšak při detekci mikroorganismů v miocénním sedimentu se nepodařilo zoptimalizovat metodu tak, aby vysoký obsah jílových částic nebránil počítání DAPI obarvených buňek. Fluorescenční signál hybridizovaných buňek byl naopak zřetelný. Na optimalizaci metody se nadále pracuje.

Czech name

Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)

Czech description

Pomocí metody CARD-FISH (catalyzed reporter deposition ? fluorescence in situ hybridization) bylo detekováno zastoupení specifických skupin prokaryot (Domény: Archea a Bacteria, Kmeny: Actinobacteria a Firmicutes; methanotrofní bakterie I a II typu) ve dvou odlišných prostředích: v půdě podhorských pastvin (farma Borová, Česká republika) a v miocenním sedimentu (hnědouhelný lom, Sokolov, Česká republika). Výsledky byly porovnány s celkovým počtem bakterií (DAPI) a počtem kolonií bakterií (CFU). Metoda CARD-FISH se ukázala vhodnou pro detekci mikroorganismů v půdě podhorských pastvin. Avšak při detekci mikroorganismů v miocénním sedimentu se nepodařilo zoptimalizovat metodu tak, aby vysoký obsah jílových částic nebránil počítání DAPI obarvených buňek. Fluorescenční signál hybridizovaných buňek byl naopak zřetelný. Na optimalizaci metody se nadále pracuje.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

EH - Ecology - communities

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2009

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

Mikrobiológia vody 2009, Zborník prednášok a posterov

ISBN

978-80-970269-9-8

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

9

Pages from-to

—

Publisher name

Československá spoločnosť mikrobiologická

Place of publication

Bratislava

Event location

Poprad

Event date

Sep 30, 2009

Type of event by nationality

EUR - Evropská akce

UT code for WoS article

—