A polyphasic approach to assess the cyanobacterial diversity of summer samples from Czech reservoirs

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077387%3A_____%2F05%3A00029804" target="_blank" >RIV/60077387:_____/05:00029804 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/60076658:12310/05:00008720

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

A polyphasic approach to assess the cyanobacterial diversity of summer samples from Czech reservoirs

Original language description

We used a polyphasic approach combining data from microscopic assessment of fresh biomass and from clone libraries and DGGE fingerprints based on 16S rRNA gene sequences to investigate the cyanobacterial diversity of Czech reservoirs during the summer in2001 and 2002. Total of 15 genera were identified using the microscopic analysis in 38 samples analysed. We recovered 113 DGGE band sequences from the same samples. Identification of the major populations by the microscopic enumeration and the molecularresults were generally congruent (for 32 samples out of 38). Differences concerned the presence of minor populations of minute genera. Aphanothece, Merismopedia, Pseudanabaena, Romeria, Snowella and Synechococcus. These differences can be explained by biases specific to each method (competitive amplification, difficulty to obtain sequences from DGGE bands, problems of microscopic observation of the small-sized genera).

Czech name

Polyfázický přístup k odhadu diversity sinic u letních vzorků z českých přehrad

Czech description

Nový, polyfázický přístup byl aplikován při studiu diversity sinic v letním fytoplanktonu českých přehrad v letech 2001 a 2002. Přístup spočívá v současném použití tradičních (mikroskopická analýza druhového složení a stanovení biomasy) a molekulárních metod (srovnání genetických sekvencí 16S rRNA získaných pomocí DGGE s klonovými knihovnami). Mikroskopickou analýzou 38 vzorků planktonu bylo nalezeno 15 rodů sinic, pomocí DGGE bylo však bylo odděleno 113 sekvencí. Identifikace dominantních druhů se shodovala u 32 vzorků. Značné rozdíly byly však zjištěny u nepatrných populací a u velmi malých druhů rodů Aphanothece, Merismopedia, Pseudanabaena, Romeria, Snowella and Synechococcus. Tyto rozdíly lze vysvětlit zvláštnostmi použitých metod (competitivní amplifikace přo PCR, obtížemi při vymývání DGGE pásků a velmi malými populacemi, které nemohly být v mikroskopu zaznamenány.)

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/IBS6017004" target="_blank" >IBS6017004: Water quality control in reservoirs</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Archiv für Hydrobiologie. Algological Studies

ISSN

0342-1120

e-ISSN

—

Volume of the periodical

-

Issue of the periodical within the volume

117

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

19

Pages from-to

177-195

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—