Optimizing the selection of core individuals for the APY approximation of inversion of genomic relationship matrix
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41210%2F22%3A92753" target="_blank" >RIV/60460709:41210/22:92753 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://metodiky.agrobiologie.cz" target="_blank" >http://metodiky.agrobiologie.cz</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Optimalizace výběru jedinců pro základní skupinu APY aproximaci inverze genomické příbuznosti
Original language description
Byl ověřen postup výběru jedinců do tzv. jádra pro aproximaci inverze genomické matice příbuznosti. Ke konstrukci matice příbuznosti se v konvenční metodě předpovědi plemenné hodnoty běžně využívají rodokmenové informace. Zásadní a nezbytnou částí předpovědi genomické plemenné hodnoty je inverze genomické matice příbuznosti. Výpočetní čas na inverzi genomické matice příbuznosti však, na rozdíl od rodokmenové matice příbuznosti, vzrůstá kubicky a maximální limit pro inverzi je přibližně 150 tisíc genotypových jedinců. Byl ověřen postup pro výběr základních jedinců pro aproximaci APY. Otestovaný přístup je postaven na podmiňujícím algoritmu. Algoritmus iniciuje základní podmnožinu s jedincem, který se nejvíce odchyluje od těžiště genotypů SNP. Poté postupně najde zvířata, která se nejvíce odchylují od již vybraných základních jedinců.
Czech name
Optimalizace výběru jedinců pro základní skupinu APY aproximaci inverze genomické příbuznosti
Czech description
Byl ověřen postup výběru jedinců do tzv. jádra pro aproximaci inverze genomické matice příbuznosti. Ke konstrukci matice příbuznosti se v konvenční metodě předpovědi plemenné hodnoty běžně využívají rodokmenové informace. Zásadní a nezbytnou částí předpovědi genomické plemenné hodnoty je inverze genomické matice příbuznosti. Výpočetní čas na inverzi genomické matice příbuznosti však, na rozdíl od rodokmenové matice příbuznosti, vzrůstá kubicky a maximální limit pro inverzi je přibližně 150 tisíc genotypových jedinců. Byl ověřen postup pro výběr základních jedinců pro aproximaci APY. Otestovaný přístup je postaven na podmiňujícím algoritmu. Algoritmus iniciuje základní podmnožinu s jedincem, který se nejvíce odchyluje od těžiště genotypů SNP. Poté postupně najde zvířata, která se nejvíce odchylují od již vybraných základních jedinců.
Classification
Type
N<sub>metC</sub> - Methodology certified by the authorised body
CEP classification
—
OECD FORD branch
40201 - Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2022
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
Genomická seleke
Regulation ID
—
Technical parameters
Zavedení výběru základních jedinců do aproximace APY, výrazně urychlí inverzi genomické matice příbuznosti, čímž dojde k výraznému zkrácení doby pro předpověď plemenné hodnoty hospodářských zvířat.
Economical parameters
Daná metodika bude využívána ČMSCH, a.s. podle zákona č.110/1997 Sb. O potravinách a zákona č. 154/2000 Sb. O šlechtění, plemenitbě a evidenci hospodářských zvířat ve znění pozdějších předpisů je ČMSCH právnická osoba pověřena ministerstvem k výkonu činností podle jednotlivých bodů § 23c. Jmenovitě podle odstavců 1 a 2 a §7 je povinna poskytovat chovatelům a oprávněným osobám údaje, zpracovávat, zveřejňovat a evidovat výsledky, což se týká i o ověřování příbuzenských vztahů mezi jedinci. V souladu s doporučením Rady vlády pro výzkum uvádíme, že ČMSCH, a.s. nevytváří těmito činnostmi zisk, poskytuje široké chovatelské veřejnosti co nejobjektivnější údaje a vyhodnocení celostátních databází vytváří podklady pro prokázání kvality plemenářské práce chovatelů.
Certification body designation
Česká plemenářská inspekce
Date of certification
—
Method of use
A - Výsledek využívá pouze poskytovatel