Molecular Design of Specific Metal-Binding Peptide Sequences from Protein Fragments. Theory and Experiment.

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F08%3A00021118" target="_blank" >RIV/60461373:22330/08:00021118 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/61388963:_____/08:00312629 RIV/00216208:11310/08:10109569

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Molecular Design of Specific Metal-Binding Peptide Sequences from Protein Fragments. Theory and Experiment.

Original language description

A novel strategy for designing peptides with specific metal-ion chelation sites is presented. It is based on linking the computationally predicted ion-specific combinations of amino acid side chains coordinated at the vertices of the desired coordinationpolyhedron into a single polypeptide chain. To this aim, a series of computer programs has been written, which (i) creates a structural combinatorial library containing Zi-(X)n?Zj sequences (n = 0 ? 14; and Z is the ?via side chain? metal-binding aminoacid) from the existing protein structures in the non-redundant Protein Data Bank, (ii) merges these fragments into a single Z1-(X)i1?Z2-(X)i2?Z3-(X)i3-?-Zn polypeptide chain, (iii) automatically carries out two simple molecular mechanics calculations that enables estimation of the internal strain in the newly designed peptide. The application of this procedure for the most M2+-specific combinations of amino acid side chains (Rulíšek, L.; Havlas, Z. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2376-2385)

Czech name

Molekulové modelování specifických peptidových sekvencí pro vazbu těžkých kovů z proteinových fragmentů. Teorie a experiment.

Czech description

Práce prezentuje novou strategii návrhu peptidů schopných vytvářet specifická kovalentně-koordinační vazebná centra pro kovy. Přístup je založen na počítačovém propojení aminokyselin, identifikovaných predikčními výpočty vazby kovů postranními řetězci vpožadovaném koordinačním polyhedronu, do peptidového řetězce. Pro tento účel byla vytvořena řada programů, které (i) vytváří strukturní kombinatorické knihovny obsahující Zi-(X)n?Zj sekvencí (n = 0 ? 14; Z je?via side chain? vazebné aminokyseliny) z existujících proteinových struktur z Protein Data Bank, (ii) spojují tyto fragmenty do jednoho polypeptidového řetězce Z1-(X)i1?Z2-(X)i2?Z3-(X)i3-?-Zn, (iii) automaticky vykonávají dva jednoduché molekulárně mechanistické výpočty, které umožňují odhad struktury nově navrženého peptidu. Aplikace této procedury pro většinu kombinací aminokyselinových zbytků (Rulíšek, L.; Havlas, Z. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2376-2385) vedla k několika peptidovým sekvencím (délek 6-20 zbytků) s potenciálem vy

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Chemistry A European Journal

ISSN

0947-6539

e-ISSN

—

Volume of the periodical

—

Issue of the periodical within the volume

26

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

11

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000259523500015

EID of the result in the Scopus database

—