True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Exp...

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F03%3A00100821" target="_blank" >RIV/61388955:_____/03:00100821 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Exp...

Original language description

Planar H-bonded and stacked structures of guanineĎcytosine (GĎC), adenineĎthymine (AĎT), 9-methylguanineĎ1-methylcytosine (mGĎmC) and 9-methyladenineĎ1-methylthymine (mAĎmT) were optimized at the RI-MP2 level using the TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]) basis set. Planar H-bonded structures of GĎC, mGĎmC and AĎT correspond to the Watson-Crick (WC) arrangement, in contrast to mAĎmT for which the Hoogsteen (H) structure is found. Stabilization energies for all structures were determined as the sum of the completebasis set limit of MP2 energies and a (.DELTA.ECCSD(T) - .DELTA.EMP2) correction term evaluated with the cc-pVDZ(0.25, 0.15) basis set. The complete basis set limit of MP2 energies was determined by two-point extrapolation using the aug-cc-pVXZ basis sets for X=D and T, and T and Q. This procedure is required since the convergency of the MP2 interaction energy for the present complexes is rather slow and it is thus important to include the extrapolation to the complete basis set limit.

Czech name

Skutečné stabilizační energie optimálních planárních vodíkem vázaných patrových struktur guanin cytosinu, adenin thyminu a jejich 9- a 1- metyl derivátů: Výpočty kompletní sady bází na úrovni MP2 a CCSD (T) a srovnání s experimentem

Czech description

Planární a vodíkem vázané a patrové struktury guanin cytosinu (G C), adenin thyminu (A T), 9-metylguanin 1- metylcitosinu (mG mC) a 9- metyladenin 1- metylthyminu (mA mT) byly optimalizovány na RI ? MP2 úrovni za požití sady bází TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]). Planární vodíkem vázané struktury G C, mG mC a A T odpovídají Watsonovu-Crickovu uspořádání, na rozdíl od mA mT se strukturou podle Hoogsteena. Stabilizační energie pro všechny struktury byly stanoveny jako součet limitů kompletní sady bází MP2 energií a korekčního členu. (.DELTA. ECCSDCT) - .DELTA. EMP2) vypočítaného pomocí sady bází cc-pVDZ (0,25, 0,15). Limit kompletní sady bází MP2 energií byl určen dvoubodovou extrapolací za použití aug-cc-pVXZ sad bází pro X=D a T, a T a Q. Tato procedura je nezbytná, protože MP2 interakční energie daných komplexů konverguje dosti pomalu a je proto důležité zahrnout extrapolaci k limitu kompletní sady bází.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/LN00A032" target="_blank" >LN00A032: Structure and dynamics of complex molecular systems and biomolecules</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2003

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of the American Chemical Society

ISSN

0002-7863

e-ISSN

—

Volume of the periodical

125

Issue of the periodical within the volume

50

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

6

Pages from-to

15608-15613

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—