Theoretical Calculation of the NMR Spin-Spin Coupling Constants and the NMR Shifts Allow Distinguishability between the Specific Direct and the Water-Mediated Binding of a Divalent Metal Cation to Guanine
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F04%3A00101036" target="_blank" >RIV/61388955:_____/04:00101036 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Theoretical Calculation of the NMR Spin-Spin Coupling Constants and the NMR Shifts Allow Distinguishability between the Specific Direct and the Water-Mediated Binding of a Divalent Metal Cation to Guanine
Original language description
The calculated intermolecular and intramolecular indirect NMR spin-spin coupling constants and NMR shifts were used for the discrimination between the inner-shell and the outer-shell binding motif of hydrated divalent cations Mg2+ or Zn2+ with a guaninebase. The intermolecular coupling constants (1)J(X, O6) and (1)J(X, N7) (X = Mg2+, Zn2+) can be unambiguously assigned to the specific inner-shell binding motif of the hydrated cation either with oxygen O6 or with nitrogen N7 of guanine. The calculated coupling constants (1)J(Mg, O6) and (1)J(Zn, O6) were 6.2 and -17.5 Hz, respectively, for the inner-shell complex of cation directly interacting with oxygen O6 of guanine. For the inner-shell coordination of the cation at nitrogen N7 the calculated coupling constants (1)J(Mg,N7) and (1)J(Zn,N7) were 5.6 and -36.5 Hz, respectively. When the binding of the cation is water-mediated, the coupling constant is zero. To obtain reliable shifts in NMR parameters, hydrated guanine was utilized.
Czech name
Teoretický výpočet NMR spin-spin interakčních konstant a NMR posunů dovoluje rozlišit mezi specificky přímou a vodou zprostředkovanou vazbou dvojmocného kovového kationtu ke guaninu
Czech description
Vypočítané intermolekulární a intramolekulární nepřímé NMR spin-spin interakční konstanty a NMR posuny byly použity pro rozlišení motivu vazby pomocí vnitřní a vnější elektronové slupky hydratovaných dvojmocných kationů Mg2+ a Zn2+ s guaninovou bází. Intermolekulární interakční konstanty (1) J (X, O6) a (1) J (X, N7) (X=Mg2+, Zn2+) mohou být jednoznačně přiřazeny specifickému motivu vazby kationu vnitřní slupkou hydratovaného buďto s kyslíkem O6 nebo s dusíkem N7 guaninu. Vypočítané interakční konstanty(1) J (Mg,O6) a (1) J (Zn,O6) byly 6,2 a -17,5 Hz pro komplex vnitřní slupky kationtu přímo interagujícího s kyslíkem O6 guaninu. Pro koordinaci kationtu vnitřní slupkou k dusíku N7 měly vypočítané interakční konstanty (1) J (Mg,N7) a (1) J (Zn,N7) hodnotu 5,6 a -36,5 Hz. Pro vazbu kationtu zprostředkovanou vodou je interakční konstanta nula. K získání spolehlivých posunů NMR parametrů bylo použito hydratovaného guaninu.
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/LN00A032" target="_blank" >LN00A032: Structure and dynamics of complex molecular systems and biomolecules</a><br>
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2004
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Journal of the American Chemical Society
ISSN
0002-7863
e-ISSN
—
Volume of the periodical
126
Issue of the periodical within the volume
2
Country of publishing house
US - UNITED STATES
Number of pages
10
Pages from-to
663-672
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—