Correlated ab Initio Study of Nucleic Acid Bases and Their Tautomers in the Gas Phase, in a Microhydrated Environment and in Aqueous Solution. Part 3. Adenine

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F04%3A00101110" target="_blank" >RIV/61388955:_____/04:00101110 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Correlated ab Initio Study of Nucleic Acid Bases and Their Tautomers in the Gas Phase, in a Microhydrated Environment and in Aqueous Solution. Part 3. Adenine

Original language description

Altogether, 14 amino and imino tautomers of adenine were studied theoretically in the gas phase, in a microhydrated environment (one and two water molecules), and in bulk water environment using the thermodynamic integration method (MD-TI), conductor-like polarizable continuum model (C-PCM, COSMO), and a hybrid model (C-PCM + one to three explicit water molecules). The structures and relative energies of various tautomers were determined at the RI-MP2 level using the TZVPP basis set. The relative enthalpies at 0 K and relative free energies at 298 K were based on relative energies and zero-point vibration energies, temperature-dependent enthalpy terms, and entropies evaluated at the MP2/6-31G** level. The effect of bulk solvent on the relative stability of adenine tautomers was studied by molecular dynamics free energy calculations using the thermodynamic integration method and self-consistent reaction field. The dipole moment of the canonical form is rather small (2.8 D).

Czech name

Korelovaná ab initio studie bází nukleových kyselin a jejich tautomerů v plynné bázi, v mikrohydratovaném prostředí a ve vodném roztoku. Část 3. Adenin

Czech description

Celkem 14 amino- a iminotautomerů adeninu bylo teoreticky studováno v plynné bázi, v mikrohydratovaném prostředí (jedna a dvě molekuly vody) a v objemové vodě pomocí termodynamické integrační metody (MD-Ti), kvazivodičového polarizovatelného modelu kontinua (C-PCM, COSMO) a hybridního modelu (C-PCM + jedna až tři explicitní molekuly vody). Struktury a relativní energie různých tautomerů byly určeny na úrovni RI-MP2 pomocí sady TZVPP bází. Relativní entalpie při 0K a relativní volné energie při 298 K vycházely z relativních energií a vibračních energií při 0K, teplotně závislých enthalpických termů a entropií stanovených na úrovni MP2/6-31G**. Vliv rozpouštědla na relativní stabilitu tautomerů adeninu byl studován molekulárně dynamickými výpočty volné energie pomocí termodynamické integrační metody a selfkonsistenčního reakčního pole. Dipólnoment kanonické formy je dosti malý (2,8D), avšak tři vzácné iminotautomery mají dipólnomomenty dosti velké (větší než 10D).

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/LN00A032" target="_blank" >LN00A032: Structure and dynamics of complex molecular systems and biomolecules</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Physical Chemistry

ISSN

1089-5647

e-ISSN

—

Volume of the periodical

108

Issue of the periodical within the volume

6

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

11

Pages from-to

2087-2097

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—