Benchmark RI-MP2 database of nucleic acid base trimers: performance of different density functional models for prediction of structures and binding energies

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F07%3A00086036" target="_blank" >RIV/61388963:_____/07:00086036 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Benchmark RI-MP2 database of nucleic acid base trimers: performance of different density functional models for prediction of structures and binding energies

Original language description

A new database of nucleic acid base trimers has been developed that includes 141 geometries and tabilization energies obtained at the RI-MP2 level of theory with the TZVPP basis set. Compared to previously compiled biologically oriented databases, this new construct includes onsiderably more complicated structures; the various intermolecular interactions in the trimers are quite heterogeneous and in particular include simultaneous hydrogen bonding and stacking interactions, which is similar to the situation in actual biopolymers Various DFT functional were tested to reproduce the interaction energies nad geometries. The best reproduction of the BSSE corrected RI-MP2 stabilization energies was achieved by the TPSS functional combined with empirical dispersion; removal of the dispersion correction leads to significantly degraded performance.

Czech name

Srovnávací RI-MP2 databáze geometrií a interakčních energií trimerů bází nukleových kyselin. Jak jsou přesně jsou DFT metody schopny reprodukovat získaná data

Czech description

V článku je představena nová testovací database obsahující geometrie a interakční energie 141 trimerů bází nukleových kyselin vypočtených na RI-MP2 úrovni. Oproti dříve publikovaným databnázím tato database je mnohem heterogennejší, protože obsahuje systémy, ve kterých jsou přítomny různé typy interakcí pohromadě. Z DFT funkcionýů jsou výsledky nejlépe reprodukovány TPSS funkcionálem s empirickým zahrnutím disperzní energie.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Physical Chemistry Chemical Physics

ISSN

1463-9076

e-ISSN

—

Volume of the periodical

9

Issue of the periodical within the volume

36

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

9

Pages from-to

5000-5008

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—