Representative amino acid side chain interactions in proteins. A comparison of highly accurate correlated ab initio quantum chemical and empirical potential procedures

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F09%3A00324799" target="_blank" >RIV/61388963:_____/09:00324799 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Representative amino acid side chain interactions in proteins. A comparison of highly accurate correlated ab initio quantum chemical and empirical potential procedures

Original language description

Interactions between amino acid side chains play a crucial role both within a folded protein and between the interacting protein molecules. Here we have selected a representative set of 24 of the 400 (20 20) possible interacting side chain pairs and computed the interaction energy in the gas phase using several different, commonly used, ab initio and force field methods, namely M?ller-Plesset perturbation theory (MP2), density functional theory combined with symmetry-adapted perturbation theory (DFT-SAPT), density functional theory empirically augmented with an empirical dispersion term (DFT-D), and empirical potentials using the OPLS-AA/L and Amber03 force fields. All the methods were compared against a reference method taken to be the CCSD(T) level of theory extrapolated to the complete basis set limit. We found a high degree of agreement between the different methods, even though the range of binding energies obtained was extremely large.

Czech name

Reprezentativní interakce aminokyselin v proteinech: srovnání přesných ab-initio kvantově chemických výpočtů s empirickými potenciály

Czech description

Interakce mezi aminokyselinami hrají zásadní roli ve stabilizaci a interakci proteinů. V této práci na reprezentativním souboru 24 párů (z celkového počtu 400) aminokyselin prezentujeme interakční enegii ve vakuu získanou několika různými výpočetními metodami: konkrétně MP2, DFT-SAPT, DFT-D a OPLS-AA/L a Amber03 empirickými potenciály. Všechny metody byly srovnány s referenčními hodnotami získanými CCSD(T) extrapolovanými na nekonečnou bázi. Nalezli jsme vysokou míru korelace pro širokou škálu interakčních energií u všech použitých metod, přestože rozsah hodnot byl extrémně široký.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2009

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Volume of the periodical

5

Issue of the periodical within the volume

4

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

11

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000265268800037

EID of the result in the Scopus database

—