A RecB-family nuclease motif in the Type I restriction endonuclease EcoR124I

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F08%3A00311266" target="_blank" >RIV/61388971:_____/08:00311266 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

A RecB-family nuclease motif in the Type I restriction endonuclease EcoR124I

Original language description

The Type I restriction-modification enzyme EcoR124I is an ATP-dependent endonuclease that uses dsDNA translocation to locate and cleave distant non-specific DNA sites. Bioinformatic analysis of the HsdR subunits of EcoR124I and related Type I enzymes showed that in addition to the principal PD-(E/D)xK Motifs, I, II and III, a QxxxY motif is also present that is characteristic of RecB-family nucleases. The QxxxY motif resides immediately C-terminal to Motif III within a region of predicted -helix. Usingmutagenesis, we examined the role of the Q and Y residues in DNA binding, translocation and cleavage. Roles for the QxxxY motif in coordinating the catalytic residues or in stabilizing the nuclease domain on the DNA are discussed

Czech name

Nukleázový motiv RecB-rodiny u restrikční endonukleázy Typu I EcoR124I

Czech description

Restrikčně-modifikační enzym Typu I EcoR124I je ATP-dependentní endonukleáza, která používá translokaci dsDNA ke štěpení ve vzdálených nespecifických místech. Bioinformatická analýza podjednotky HsdR EcoR124I a příbuzných enzymů Typu I ukázala, že kroměprincipiálních PD-(E/D)xK motivů I, II a III, je přítomen také motiv QxxxY charakteristický pro nukleázy skupiny RecB. Motiv QxxxY je umístěn C-terminálně za motivem III v oblasti předpokládaného -helixu. Použitím mutageneze byla zkoumána úloha aa zbytkůQ a Y ve vazbě na DNA, v translokaci a štěpení. Je diskutována role motivu QxxxY při koordinaci katalytických zbytků nebo při stabilizaci nukleázové domény na DNA

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA204%2F07%2F0325" target="_blank" >GA204/07/0325: Identification of amino acid residues of the HsdS and HsdR subunits required for correct assembly of Type I restriction-modification enzyme EcoR124I</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Volume of the periodical

36

Issue of the periodical within the volume

12

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

11

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000257578600007

EID of the result in the Scopus database

—