Proteomic column

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F24%3AN0000001" target="_blank" >RIV/61388971:_____/24:N0000001 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Proteomická kolona (Proteolytická kolona pro aplikace v proteomice)

Original language description

Nová proteolytická kolona využívající alternativních proteázu, která má jiné štěpné preference a jiný aktivitní profil. V předkládaném prototypu enzymové kolony byla AnPEP proteáza imobilizována na vhodně zvolenou stacionární fázi, kterou byla následně naplněna prázdná chromatografická LC kolona. Takto vytvořená kolona poskytuje rychlé a účinné štěpení proteinu v situacích, kdy komerčně dostupné proteolytické kolony nejsou schopny vygenerovat potřebné štěpné peptidy. Enzymatické štěpení proteinů je kritickým krokem v proteomické analýze pomocí postupu zdola nahoru (bottom-up). Peptidy získané štěpením jsou následně analyzovány pomocí spojení kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií a jejich detekce je použita pro identifikaci a případnou další charakterizaci analyzovaných proteinů v daném vzorku. Standardními proteolytickými enzymy používanými v proteomice jsou trypsin (obvykle v aplikacích zaměřených na identifikaci nebo mapování sekvence) a pepsin (pro strukturní proteomiku, například pro HDX). Tyto dvě běžně používané proteázy jsou široce komerčně dostupné jak v průtokovém, tak i v sádkovém provedení, mají ale určitá omezení. Z tohoto důvodu existuje motivace pro použití alternativních proteáz, které mají jiné štěpné preference a jiný aktivitní profil. AnPEP proteáza (prolyl endoproteáza z Aspergillus niger) je výhodná v tom, že je možné ji získat relativně ekonomicky ve velkém množství a vyznačuje se štěpením za prolinem, kde jinak běžné jiné proteázy obvykle neštěpí. V předkládaním prototypu enzymové kolony byla AnPEP proteáza imobilizována na vhodně zvolenou stacionární fázi, kterou byla následně naplněna prázdná chromatografická LC kolona. Takto vytvořená kolona poskytuje rychlé a účinné štěpení proteinu v situacích, kdy komerčně dostupné proteolytické kolony nejsou schopny vygenerovat potřebné štěpné peptidy. V projektu TAČR byla tato nová kolona použita pro nalezení specifické mutace proteinu APO A4 v pacientských vzorcích.

Czech name

Proteomická kolona (Proteolytická kolona pro aplikace v proteomice)

Czech description

—

Type

G_prot - Prototype

CEP classification

—

OECD FORD branch

10608 - Biochemistry and molecular biology

Project

<a href="/en/project/TN02000132" target="_blank" >TN02000132: National centre for new methods of diagnosis, monitoring, treatment and prevention of genetic diseases</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2024

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

TN02000132/1-V4

Numerical identification

—

Technical parameters

Enzymatické štěpení proteinů je kritickým krokem v proteomické analýze pomocí postupu zdola nahoru (bottom-up). Peptidy získané štěpením jsou následně analyzovány pomocí spojení kapalinové chromatografie s hmotnostní spektrometrií a jejich detekce je použita pro identifikaci a případnou další charakterizaci analyzovaných proteinů v daném vzorku. Standardními proteolytickými enzymy používanými v proteomice jsou trypsin (obvykle v aplikacích zaměřených na identifikaci nebo mapování sekvence) a pepsin (pro strukturní proteomiku, například pro HDX). Tyto dvě běžně používané proteázy jsou široce komerčně dostupné jak v průtokovém, tak i v sádkovém provedení, mají ale určitá omezení. Z tohoto důvodu existuje motivace pro použití alternativních proteáz, které mají jiné štěpné preference a jiný aktivitní profil. AnPEP proteáza (prolyl endoproteáza z Aspergillus niger) je výhodná v tom, že je možné ji získat relativně ekonomicky ve velkém množství a vyznačuje se štěpením za prolinem, kde jinak běžné jiné proteázy obvykle neštěpí. V předkládaním prototypu enzymové kolony byla AnPEP proteáza imobilizována na vhodně zvolenou stacionární fázi, kterou byla následně naplněna prázdná chromatografická LC kolona. Takto vytvořená kolona poskytuje rychlé a účinné štěpení proteinu v situacích, kdy komerčně dostupné proteolytické kolony nejsou schopny vygenerovat potřebné štěpné peptidy. V projektu TAČR byla tato nová kolona použita pro nalezení specifické mutace proteinu APO A4 v pacientských vzorcích.

Economical parameters

Předpokládané ekonomické přínosy jsou v uvedení AnPEP proteolytické kolony na trh na základě licenční smlouvy mezi Mikrobiologickým ústavem a firmou AffiPro s.r.o., která by měla být uzavřeno během roku 2025. Dosavadní výsledky ukazují aplikační potenciál a tedy možné komerční využití formou přímého prodeje zákazníkům ze základního výzkumu a z farmaceutických firem.

Application category by cost

—

Owner IČO

61388971

Owner name

Mikrobiologický ústav AV ČR v.v.i.

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

A - K využití výsledku jiným subjektem je vždy nutné nabytí licence

Licence fee requirement

A - Poskytovatel licence na výsledek požaduje licenční poplatek

Web page

—