Web based graphical user interface for data analysis tools for high capacity DNA sequencing and human genome variants annotation

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989100%3A27740%2F16%3A86098983" target="_blank" >RIV/61989100:27740/16:86098983 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Webové grafické rozhraní pro nástroje analýzy dat vysokokapacitního DNA sekvenování DNA variant lidského genomu

Original language description

MPS generuje velké množství dat, které je třeba dále zpracovávat a kvalitativně analyzovat. Webové rozhraní poskytuje uživatelům intuitivní a optimalizovaný přístup pro analýzu dat. Bioinformatické rozhraní v současnosti nabízí použití několik open-source nástrojů pro analýzu MPS dat: FastQC, Trimmomatic, BWA, GATK, SAMtools, Picard tools v optimalizované analytické pipeline umožňující automatizované zpracovávání dat. V rozhraní je dále vyvíjen anotační software umožňující priortizaci a anotaci DNA variant v lidském genomu komparací s databázemi DNA variant.

Czech name

Webové grafické rozhraní pro nástroje analýzy dat vysokokapacitního DNA sekvenování DNA variant lidského genomu

Czech description

MPS generuje velké množství dat, které je třeba dále zpracovávat a kvalitativně analyzovat. Webové rozhraní poskytuje uživatelům intuitivní a optimalizovaný přístup pro analýzu dat. Bioinformatické rozhraní v současnosti nabízí použití několik open-source nástrojů pro analýzu MPS dat: FastQC, Trimmomatic, BWA, GATK, SAMtools, Picard tools v optimalizované analytické pipeline umožňující automatizované zpracovávání dat. V rozhraní je dále vyvíjen anotační software umožňující priortizaci a anotaci DNA variant v lidském genomu komparací s databázemi DNA variant.

Type

R - Software

CEP classification

IN - Informatics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/TE02000058" target="_blank" >TE02000058: Center of competence for molecular diagnostics and personalized medicine</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2016

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

029/21-12-2016_SW

Technical parameters

Webová aplikace využívá několika technologií a je rozdělena na klientskou a serverou část. Klientská část je realizována jako webový portál umožňující nahrávání/stahování dat, spouštění výpočtů na clusteru a vizualizaci výsledků. Serverová část zpracovává požadavky z klientské části, obstarává zabezpečené připojení ke clusteru, notifikace událostí, informace o stavech spuštěných výpočtů a tedy obsahuje veškerou aplikační logiku celé aplikace. Při vývoji aplikace byl kladen velký důraz na zabezpečení. Celá aplikace prošla rozsáhlým interním bezpečnostním auditem (HTTPS, Secure flag, Input/output sanitizing, XSS, SQL injection, Bash code injection, ...).

Economical parameters

MPS generuje velké množství dat, které je třeba dále zpracovávat a kvalitativně analyzovat. Webové rozhraní poskytuje uživatelům intuitivní a optimalizovaný přístup k nástrojům analýzy dat a HPC infrastruktuře. Z hlediska průmyslového využití výsledku je aplikace zaměřena na akademická, průmyslová a zdravotnická pracoviště zabývající se masivně paralelním sekvenováním DNA.

Owner IČO

61989100

Owner name

Vysoká škola báňská - Technická univerzita Ostrava