AggreProt stand-alone

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989100%3A27740%2F24%3A10256876" target="_blank" >RIV/61989100:27740/24:10256876 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/00159816:_____/24:00081652

Result on the web

<a href="https://loschmidt.chemi.muni.cz/aggreprot/" target="_blank" >https://loschmidt.chemi.muni.cz/aggreprot/</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

AggreProt stand-alone

Original language description

AggreProt je prediktor založený na strojovém učení sekvencí založený na hlubokých neuronových sítích (DNN) s názvem AggreProt. AggreProt se skládá ze (i) sekvenčního a (ii) statického modelu, které byly oba natrénovány na hexapeptidech z WaltzDB pomocí atomárního příbuzného popisu každé aminokyseliny (36 rysů) hexapeptidů, resp. 18 rysů nalezených v databázi. Přesnost modelu AggreProt byla vyšší nebo srovnatelná s nejmodernějšími prediktory Tango, Waltz, Aggrescan, PASTA 2.0, GAP, AnuPP a FishAmyloid při použití validačních datových souborů založených na hexapeptidech i proteinech. Dále jsme provedli rozsáhlou experimentální validaci AggreProt, abychom prokázali jeho aplikační potenciál. Na rozdíl od jiných prediktorů AggreProt správně identifikoval oblasti náchylné na agregaci u jednoho z našich modelových proteinů - halogenalkandehalogenázy LinB a umožnil nám snížit její agregaci metodami proteinového inženýrství.

Czech name

AggreProt stand-alone

Czech description

AggreProt je prediktor založený na strojovém učení sekvencí založený na hlubokých neuronových sítích (DNN) s názvem AggreProt. AggreProt se skládá ze (i) sekvenčního a (ii) statického modelu, které byly oba natrénovány na hexapeptidech z WaltzDB pomocí atomárního příbuzného popisu každé aminokyseliny (36 rysů) hexapeptidů, resp. 18 rysů nalezených v databázi. Přesnost modelu AggreProt byla vyšší nebo srovnatelná s nejmodernějšími prediktory Tango, Waltz, Aggrescan, PASTA 2.0, GAP, AnuPP a FishAmyloid při použití validačních datových souborů založených na hexapeptidech i proteinech. Dále jsme provedli rozsáhlou experimentální validaci AggreProt, abychom prokázali jeho aplikační potenciál. Na rozdíl od jiných prediktorů AggreProt správně identifikoval oblasti náchylné na agregaci u jednoho z našich modelových proteinů - halogenalkandehalogenázy LinB a umožnil nám snížit její agregaci metodami proteinového inženýrství.

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

10200 - Computer and information sciences

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2024

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

003/30-01-2025_SW

Technical parameters

Doposud je využíváno interně oběma subjekty k výzkumným účelům.

Economical parameters

V budoucnu je plánována nabídka potencionálním partnerům z komerční sféry.

Owner IČO

61989100

Owner name

Vysoká škola báňská - Technická univerzita Ostrava