Software for the detection of viruses from electron microscopy images and related methodological procedures

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62690094%3A18450%2F22%3A50019391" target="_blank" >RIV/62690094:18450/22:50019391 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Software pro detekci virů ze snímků pořízených elektronovou mikroskopií a související metodické postupy

Original language description

Softwarový nástroj umožňuje poloautomatizované zpracování souborů snímků z průzkumu vzorků skenovacím elektronovým mikroskopem do podoby ucelených map a jejich zpřístupnění a anotaci uživatelem ve webovém rozhraní. V mapě lze prezentovat též výsledky dalšího algoritmického zpracování dat dle zadání například vyznačit rozpoznané struktury. Nástroj usnadní prezentaci výsledků snímání zadavateli úlohy, kolaboraci nad získanými daty, nebo jejich další pohodlné sdílení. Implementován byl v období 8/2021-7/2022 jako součást modulárního software pro automatické vyhodnocování snímků biologických vzorků pořízených elektronovým mikroskopem, dokončeného v 7/2021 a již samostatně vedeného v OBD.

Czech name

Software pro detekci virů ze snímků pořízených elektronovou mikroskopií a související metodické postupy

Czech description

Softwarový nástroj umožňuje poloautomatizované zpracování souborů snímků z průzkumu vzorků skenovacím elektronovým mikroskopem do podoby ucelených map a jejich zpřístupnění a anotaci uživatelem ve webovém rozhraní. V mapě lze prezentovat též výsledky dalšího algoritmického zpracování dat dle zadání například vyznačit rozpoznané struktury. Nástroj usnadní prezentaci výsledků snímání zadavateli úlohy, kolaboraci nad získanými daty, nebo jejich další pohodlné sdílení. Implementován byl v období 8/2021-7/2022 jako součást modulárního software pro automatické vyhodnocování snímků biologických vzorků pořízených elektronovým mikroskopem, dokončeného v 7/2021 a již samostatně vedeného v OBD.

Type

R - Software

CEP classification

—

OECD FORD branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Project

<a href="/en/project/TP01010032" target="_blank" >TP01010032: The Centre of Creative Activities and Knowledge Transfer at University Hradec Kralove</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2022

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

5676_Automatizace SEM

Technical parameters

Programovací jazyk: zejména Python, dále skriptovací jazyk NI VB. Možnost nasazení: kontejnerizační systém Docker Arichitektura: Oddělené mikroslužby, navrženo pro technickou škálovatelnost Použité technologie: Py4webm, PostgreSQL, ImageMagic, OpenCV, NI Vision Builder, Leaflet.js

Economical parameters

Systém je vyvinut do stavu proof-of-concept. Pro komerční nasazení by bylo vhodné podrobit h odalšímu uživatelskému testování, testům specializovaným a výsledky testování implementovat. Lze předpokládat, že další provoz plně odladěného software v rozsahu stávajících funkcionalit nebude spojen s vysokou pracností ani s velkými nároky na provozní harwarovou insfrastrukturou. Na výpočetní infrastrukturu by mohlo být náročnější řešení případných budoucích pokročilých rozpoznávacích úloh. Výnosy mohou plynout ze smluvního výzkumu realizovaného na UHK s pomocí software, z jeho poskytování formou SAAS nebo licencováním uživatelům.

Owner IČO

62690094

Owner name

Univerzita Hradec Králové