Position of genome-wide sequencing in epidemiology of hospital-associated infections - experience from the University Hospital Brno
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00071499" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00071499 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://kmine.bpp.cz/cs/" target="_blank" >https://kmine.bpp.cz/cs/</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Postavení celogenomového sekvenování v epidemiologii infekcí spojených s nemocniční péčí - zkušenosti z FN Brno
Original language description
Cíl studie: Celogenomové sekvenování WGS se stává stále přístupnějším také pro klinické mikrobiologické laboratoře. Díky schopnosti rozlišit bakteriální kmeny na úrovni jednotlivých nukleotidů se uplatňuje především při uplatnění outbreaků. Cílem této studie bylo stanovit pozici WGS v rutinní epidemiologii a jeho přínos ve srovnání s méně náročnými typizačními metodami. Metody: 922 izolátů Klebsiella pneumoniae produkujících širokospektré β-laktamázy (ESBL-KPN) a 223 izolátů vankomycin rezistentních Enterococcus faecium (VRE) bylo typizováno pomocí mini-MLST. 46 ESBL-KPN a 72 VRE izolátů bylo nadále sekvenováno pomocí WGS. Ze získaných dat byla provedena analýza jednonukleotidových záměn (SNV). Dále byla u vybraných izolátů provedena rep-PCR a MLST. Výsledky: Izoláty ESBL-KPN byly pomocí mini-MLST rozděleny do 38 tacích typů (MeIT), izoláty VRE do 5 MeITů. Jednomu MeITu u ESBL-KPN odpovídal vždy jeden ST, u VRE nevíce rozšířený MeIT55 (91 %) odpovídal třem různým ST. Na základě WGS dat byla zjištěna vysoká klonalita populace ESBL-KPN v rámci jednotlivých ST (0-58 SNV) v čase i napříč odděleními. U VRE byly rozdíly v rámci ST výrazně vyšší (14-3310 SNV). Pomocí Rep-PCR bylo možné u vybraných MeITů ESBL-KPN rozlišit 2 (u 5 MeITů) a 3 (u 2 MeITů) rep-profily. Pro VRE neukázaly mini-MLST ani rep-PCR dostatečnou rozlišovací schopnost. Závěry: WGS umožňuje analyzovat bakteriální populace na úrovni celého genomu s maximálním možným rozlišením. Tyto znalosti lze využít při epidemiologickém šetření a doplnit tak výsledky získané rychlejšími, levnějšími a méně náročnými typizačními metodami, jako je například rep-PCR nebo mini-MLST, vhodnými pro rutinní použití u velkého množství izolátů. Významnou roli má WGS při řešení outbreaků a hledání cest přenosu. Finanční náklady a náročné zpracování dat ovšem stále bráni v jeho implementaci do běžné rutinní praxe.
Czech name
Postavení celogenomového sekvenování v epidemiologii infekcí spojených s nemocniční péčí - zkušenosti z FN Brno
Czech description
Cíl studie: Celogenomové sekvenování WGS se stává stále přístupnějším také pro klinické mikrobiologické laboratoře. Díky schopnosti rozlišit bakteriální kmeny na úrovni jednotlivých nukleotidů se uplatňuje především při uplatnění outbreaků. Cílem této studie bylo stanovit pozici WGS v rutinní epidemiologii a jeho přínos ve srovnání s méně náročnými typizačními metodami. Metody: 922 izolátů Klebsiella pneumoniae produkujících širokospektré β-laktamázy (ESBL-KPN) a 223 izolátů vankomycin rezistentních Enterococcus faecium (VRE) bylo typizováno pomocí mini-MLST. 46 ESBL-KPN a 72 VRE izolátů bylo nadále sekvenováno pomocí WGS. Ze získaných dat byla provedena analýza jednonukleotidových záměn (SNV). Dále byla u vybraných izolátů provedena rep-PCR a MLST. Výsledky: Izoláty ESBL-KPN byly pomocí mini-MLST rozděleny do 38 tacích typů (MeIT), izoláty VRE do 5 MeITů. Jednomu MeITu u ESBL-KPN odpovídal vždy jeden ST, u VRE nevíce rozšířený MeIT55 (91 %) odpovídal třem různým ST. Na základě WGS dat byla zjištěna vysoká klonalita populace ESBL-KPN v rámci jednotlivých ST (0-58 SNV) v čase i napříč odděleními. U VRE byly rozdíly v rámci ST výrazně vyšší (14-3310 SNV). Pomocí Rep-PCR bylo možné u vybraných MeITů ESBL-KPN rozlišit 2 (u 5 MeITů) a 3 (u 2 MeITů) rep-profily. Pro VRE neukázaly mini-MLST ani rep-PCR dostatečnou rozlišovací schopnost. Závěry: WGS umožňuje analyzovat bakteriální populace na úrovni celého genomu s maximálním možným rozlišením. Tyto znalosti lze využít při epidemiologickém šetření a doplnit tak výsledky získané rychlejšími, levnějšími a méně náročnými typizačními metodami, jako je například rep-PCR nebo mini-MLST, vhodnými pro rutinní použití u velkého množství izolátů. Významnou roli má WGS při řešení outbreaků a hledání cest přenosu. Finanční náklady a náročné zpracování dat ovšem stále bráni v jeho implementaci do běžné rutinní praxe.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
10606 - Microbiology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/GA17-01821S" target="_blank" >GA17-01821S: High throughput bacterial genome assembly and annotation techniques using genomic signal processing</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2019
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů