NGS analysis of HLA system polymorphisms in a pilot group of Czech patients with sarcoidosis

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00071508" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00071508 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="http://www.pneumologie.cz/akce/1297/xxi-kongres-ceske-pneumologicke-a-ftizeologicke-spolecnosti-a-slovenskej-pneumologickej-a-ftizeologickej-spolocnosti/?kalendar=1569880800" target="_blank" >http://www.pneumologie.cz/akce/1297/xxi-kongres-ceske-pneumologicke-a-ftizeologicke-spolecnosti-a-slovenskej-pneumologickej-a-ftizeologickej-spolocnosti/?kalendar=1569880800</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

NGS analýza polymorfismů HLA systému v pilotním souboru českých pacientů se sarkoidózou

Original language description

Cíl práce: Variabilita HLA systému u sarkoidózy je předmětem výzkumu již od devadesátých let dvacátého století. S rostoucími znalostmi a vývojem molekulárních metod je současným standardem pro stanovení HLA metoda sekvenování nové generace (NGS), které umožňuje identifikaci na alelické úrovni. V naší laboratoři jsme proto začali pomocí této metody zkoumat souvislosti HLA polymorfismů a sarkoidózy. Materiál a metody: Dosud jsme analyzovali data od 110 pacientů diagnostikovaných dle kritérií ATS/ERS/WASOG ve Fakultní nemocnici Brno. Rozložení rentgenologických stadií (I/II/III/IV) v souboru pacientů byl následující: 36/53/19/2. U 23 pacientů byl diagnostikován Lőfgrenův syndrom (LS) a 33 pacientů mělo i mimoplicní manifestaci sarkoidózy. Bylo typizováno 7 HLA lokusů (HLA -A, -B, -C, -DRB1, -DQA1, -DQB1, -DPA1) pomocí Omixon Holotype kitu a Twin softwaru. Získané frekvence HLA alel byly porovnány s daty z databáze alelických frekvencí a také s distribucí HLA polymorfismů ve stejných lokusech získaných typizací se stejným alelickým rozlišením pomocí NGS u 168 nepříbuzných českých subjektů (viz práce: Petrek M, Osoegawa K, Gangavarapu S, Kocourkova L, Creary LE, Vayntrub T, Fernandez-Vina MA. Determination of HLA haplotypes in Czech population using NGS typing - a family study. HLA 2019; 93(5): 343-4.). Výsledky: V porovnání se zdravými jedinci, byl u pacientů se sarkoidózou vyšší výskyt alel HLA -DRB1*15:01:01, HLA -DRB1*03:01:01, HLA -DRB1*13:02:01:02, HLA -B*08:01:01:01 a HLA -B*18:01:01. Naopak alely HLA -DRB1*07:01:01:01 či HLA -DRB1*01:01:01 se vyskytovaly četněji u zdravých jedinců a mohly by tedy mít protektivní účinek. Výskyt LS koreloval s výskytem alely HLA -DRB1*03:01:01. Výskyt alely HLA -DRB1*15:01:01 byl četnější u pacientů s horší prognózou (posuzováno dle &quot;vyššího&quot; rentgenologického stadia). Závěry: Tato předběžná analýza první skupiny pacientů se sarkoidózou typizovaných pomocí NGS potvrdila některé dříve popsané asociace. Budeme pokračovat v analýze HLA haplotypů a jejich souvislostí se sarkoidózou. Rozšiřujeme také soubor pacientů, aby bylo možné podrobně analyzovat asociaci alel s jednotlivými fenotypovými projevy onemocnění. Chtěli bychom tak přispět k rozšíření znalostí o asociacích sarkoidózy s HLA a jejich případné aplikaci v praxi.

Czech name

NGS analýza polymorfismů HLA systému v pilotním souboru českých pacientů se sarkoidózou

Czech description

Cíl práce: Variabilita HLA systému u sarkoidózy je předmětem výzkumu již od devadesátých let dvacátého století. S rostoucími znalostmi a vývojem molekulárních metod je současným standardem pro stanovení HLA metoda sekvenování nové generace (NGS), které umožňuje identifikaci na alelické úrovni. V naší laboratoři jsme proto začali pomocí této metody zkoumat souvislosti HLA polymorfismů a sarkoidózy. Materiál a metody: Dosud jsme analyzovali data od 110 pacientů diagnostikovaných dle kritérií ATS/ERS/WASOG ve Fakultní nemocnici Brno. Rozložení rentgenologických stadií (I/II/III/IV) v souboru pacientů byl následující: 36/53/19/2. U 23 pacientů byl diagnostikován Lőfgrenův syndrom (LS) a 33 pacientů mělo i mimoplicní manifestaci sarkoidózy. Bylo typizováno 7 HLA lokusů (HLA -A, -B, -C, -DRB1, -DQA1, -DQB1, -DPA1) pomocí Omixon Holotype kitu a Twin softwaru. Získané frekvence HLA alel byly porovnány s daty z databáze alelických frekvencí a také s distribucí HLA polymorfismů ve stejných lokusech získaných typizací se stejným alelickým rozlišením pomocí NGS u 168 nepříbuzných českých subjektů (viz práce: Petrek M, Osoegawa K, Gangavarapu S, Kocourkova L, Creary LE, Vayntrub T, Fernandez-Vina MA. Determination of HLA haplotypes in Czech population using NGS typing - a family study. HLA 2019; 93(5): 343-4.). Výsledky: V porovnání se zdravými jedinci, byl u pacientů se sarkoidózou vyšší výskyt alel HLA -DRB1*15:01:01, HLA -DRB1*03:01:01, HLA -DRB1*13:02:01:02, HLA -B*08:01:01:01 a HLA -B*18:01:01. Naopak alely HLA -DRB1*07:01:01:01 či HLA -DRB1*01:01:01 se vyskytovaly četněji u zdravých jedinců a mohly by tedy mít protektivní účinek. Výskyt LS koreloval s výskytem alely HLA -DRB1*03:01:01. Výskyt alely HLA -DRB1*15:01:01 byl četnější u pacientů s horší prognózou (posuzováno dle &quot;vyššího&quot; rentgenologického stadia). Závěry: Tato předběžná analýza první skupiny pacientů se sarkoidózou typizovaných pomocí NGS potvrdila některé dříve popsané asociace. Budeme pokračovat v analýze HLA haplotypů a jejich souvislostí se sarkoidózou. Rozšiřujeme také soubor pacientů, aby bylo možné podrobně analyzovat asociaci alel s jednotlivými fenotypovými projevy onemocnění. Chtěli bychom tak přispět k rozšíření znalostí o asociacích sarkoidózy s HLA a jejich případné aplikaci v praxi.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

30203 - Respiratory systems

Project

<a href="/en/project/NV18-05-00134" target="_blank" >NV18-05-00134: Immunogenetic molecular profile of sarcoidosis: significance for disease course prediction</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2019

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů