Use of functional analysis as a complementary tool in the analysis of the TP53 gene in patients with chronic lymphocytic leukemia
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F21%3A00075177" target="_blank" >RIV/65269705:_____/21:00075177 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.prolekare.cz/casopisy/transfuze-hematologie-dnes/archiv-cisel/2021-supplementum-2" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/casopisy/transfuze-hematologie-dnes/archiv-cisel/2021-supplementum-2</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Využití funkční analýzy jako doplňkového nástroje při analýze genu TP53 u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií
Original language description
Úvod: Defekty genu TP53 jsou významným prognostickým markerem pacientů s chronickou lymfocytární leukémií (CLL). Status TP53 je důležitý pro volbu léčby, pacienti s nefunkčním p53 profitují z léčby novými inhibitory. Interpretace variant nalezených u CLL je založena na TP53-specifických databázích, v ojedinělých případech je třeba dalších metod k dořešení funkce variantního proteinu. Cíl: Ověření schopnosti proteinu p53 aktivovat transkripci cílových genů u variant s nejasným významem (VUS) a/nebo nepopsaných v TP53- databázích, které byly nalezeny v rámci rutinní diagnostiky CLL pacientů. Metody: Funkční analýza v kvasinkách (FASAY) umožňuj odlišit varianty proteinu s narušenou schopností aktivovat transkripci, které tvoří červené kolonie. Přítomnost variant p53 v červených (nefunkční p53) a bílých (funkční p53) koloniích byla ověřena Sangerovým sekvenováním. Výsledky: Metodou FASAY jsme testovali: (1) tři varianty typu inzerce/delece se zachováním čtecího rámce (in-frame), (2) dvě varianty s možným vlivem na sestřih RNA, (3) tři germinální varianty označované jako VUS. (1) In-frame inzerce/delece p.Met160_Ala161dup, p.Glu171_Val172- delinsAsp i p.Arg110_Phe113delinsLeu vedly ke vzniku červených kolonií, eliminují transaktivační funkci p53 a jsou patogenní. (2) Varianta c.559+5G>A p.? způsobuje aberantní sestřih. Varianta c.993G>T p.(Gln331His) měnící poslední nukelotid exonu 9 nebyla nalezena v bílých ani červených koloniích, pravděpodobně vede k defektu sestřihu a je odbourávána na úrovni RNA mechanizmem nonsense-mediated mRNA decay. (3) Germinální varianty p.Arg283Cys a p.Ile254Val vedly ke vzniku bílých kolonií, nenarušují tedy transaktivační funkci p53. Varianta p.Arg158Cys dala vznik růžovým koloniím, funkce p53 je narušena částečně. Závěr: Přestože naprostou většinu variant TP53 nalezených u CLL pacientů lze interpretovat pouze na základě TP53-specifických databází, funkční test v kvasinkách představuje užitečný nástroj pro obtížně interpretovatelné varianty. Naše výsledky potvrzují, že zatímco somatické varianty nalezené u CLL jsou obvykle patogenní, germinální varianty mohou být funkční nebo mohou mít částečně zachovanou transkativační schopnost.
Czech name
Využití funkční analýzy jako doplňkového nástroje při analýze genu TP53 u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií
Czech description
Úvod: Defekty genu TP53 jsou významným prognostickým markerem pacientů s chronickou lymfocytární leukémií (CLL). Status TP53 je důležitý pro volbu léčby, pacienti s nefunkčním p53 profitují z léčby novými inhibitory. Interpretace variant nalezených u CLL je založena na TP53-specifických databázích, v ojedinělých případech je třeba dalších metod k dořešení funkce variantního proteinu. Cíl: Ověření schopnosti proteinu p53 aktivovat transkripci cílových genů u variant s nejasným významem (VUS) a/nebo nepopsaných v TP53- databázích, které byly nalezeny v rámci rutinní diagnostiky CLL pacientů. Metody: Funkční analýza v kvasinkách (FASAY) umožňuj odlišit varianty proteinu s narušenou schopností aktivovat transkripci, které tvoří červené kolonie. Přítomnost variant p53 v červených (nefunkční p53) a bílých (funkční p53) koloniích byla ověřena Sangerovým sekvenováním. Výsledky: Metodou FASAY jsme testovali: (1) tři varianty typu inzerce/delece se zachováním čtecího rámce (in-frame), (2) dvě varianty s možným vlivem na sestřih RNA, (3) tři germinální varianty označované jako VUS. (1) In-frame inzerce/delece p.Met160_Ala161dup, p.Glu171_Val172- delinsAsp i p.Arg110_Phe113delinsLeu vedly ke vzniku červených kolonií, eliminují transaktivační funkci p53 a jsou patogenní. (2) Varianta c.559+5G>A p.? způsobuje aberantní sestřih. Varianta c.993G>T p.(Gln331His) měnící poslední nukelotid exonu 9 nebyla nalezena v bílých ani červených koloniích, pravděpodobně vede k defektu sestřihu a je odbourávána na úrovni RNA mechanizmem nonsense-mediated mRNA decay. (3) Germinální varianty p.Arg283Cys a p.Ile254Val vedly ke vzniku bílých kolonií, nenarušují tedy transaktivační funkci p53. Varianta p.Arg158Cys dala vznik růžovým koloniím, funkce p53 je narušena částečně. Závěr: Přestože naprostou většinu variant TP53 nalezených u CLL pacientů lze interpretovat pouze na základě TP53-specifických databází, funkční test v kvasinkách představuje užitečný nástroj pro obtížně interpretovatelné varianty. Naše výsledky potvrzují, že zatímco somatické varianty nalezené u CLL jsou obvykle patogenní, germinální varianty mohou být funkční nebo mohou mít částečně zachovanou transkativační schopnost.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
30205 - Hematology
Result continuities
Project
—
Continuities
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Others
Publication year
2021
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů