9TREE-PUZZLE: a computer program to reconstruct phylogenetic trees

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985831%3A_____%2F07%3A00087861" target="_blank" >RIV/67985831:_____/07:00087861 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

9TREE-PUZZLE: a computer program to reconstruct phylogenetic trees

Original language description

9TREE-PUZZLE is a computer program to reconstruct phylogenetic trees from molecular sequence data by maximum likelihood. It is a native, complete Plan 9 rewrite inspired by the original TREE-PUZZLE: "Schmidt, H.A., K. Strimmer, M. Vingron, and A. von Haeseler (2002) TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. Bioinformatics. 18:502-504".It implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automaticallyassigns estimations of support to each internal branch. 9TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can be calculated with and without the molecular-clock assumption.In addition, TREE-PUZZLE offers likelihood mapping, a method to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

Czech name

9TREE-PUZZLE: program pro rekonstrukci fylogenetických stromů

Czech description

9TREE-PUZZLE je program pro rekonstrukci fylogenetických stromů metodou největší věrohodnosti (ML). Program je kompletním přepracováním originální verze "Schmidt, H.A., K. Strimmer, M. Vingron, and A. von Haeseler (2002) TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing. Bioinformatics. 18:502-504". Běží v nativním modu pod OS Plan 9. Implementuje rychlé prohledávání stromů, kvartetovou metodu, čímž dovoluje zpracovávat rozsáhlé fylogenetické stromy a automaticky přiřazuje procento podpory pro jednotlivé evoluční větve. Též počítá párové ML vzdálenosti a délky větví pro evoluční stromy specifikované uživatelem, za i bez předpokladu "evolučních hodin". Program dále nabízí věrohodnostní mapovánímetodu, která zkoumá podporu hypotetických vnitřních větví evolučního stromu. Dále provádí řadu statistických testů. Heterogenita evolučních rychlostí je modelována diskrétním Gamma rozdělením s připuštěním invariabilních míst.

Type

X - Unclassified

CEP classification

EG - Zoology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA205%2F03%2F1124" target="_blank" >GA205/03/1124: Biochronology and taxonomy of the Middle Devonian polycystine Radiolaria of the Barrandian</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů