Analysis of nrDNA polymorphism in closely related diploid sexual, tetraploid sexual and polyploid agamospermous species

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F67985939%3A_____%2F09%3A00323148" target="_blank" >RIV/67985939:_____/09:00323148 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68378050:_____/09:00323148

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Analysis of nrDNA polymorphism in closely related diploid sexual, tetraploid sexual and polyploid agamospermous species

Original language description

Nuclear sequences of ITS1-5.8S-ITS2 region of rDNA may be an important source of phylogenetically informative data provided that nrDNA is cloned and the character of sequence variation of clones is properly analysed. nrDNA of selected Taraxacum sectionswas studied to show sequence variation differences among diploid sexual, tetraploid sexual and polyploidy agamospermous species. We examined nucleotide characteristics, substitution pattern, secondary structure, and the phylogenetic utility of ITS1-5.8S-ITS2 from 301 clones of 32 species representing 11 sections. The most divergent sequences of ITS1 and 2 differed by 17.1 % and in 5.8S only by 3.7 %. The ITS1-5.8S-ITS2 characteristics, integrity and also stability of secondary structures confirmed thatpseudogenes are not responsible for the above variation. The within-individual polymorphism of clones implies that the concerted evolution of ITS cistron of agamospermous polyploid Taraxacum is remarkably suppressed.

Czech name

Analýza nrDNA polymorfismu u blízce příbuzných diploidních sexuálních, tetraploiních sexuálních a polyploidních agamospermických druhů

Czech description

Nukleární sekvence ITS1-5.8S-ITS2 mohou být důležitým zdrojem fylogeneticky informativních dat pod podmínkou, že nrDNA je klonována a sekvenční variabilita klonů důkladně analyzována. Byla studována nukleární DNA vybraných sekcí rodu Taraxacum, která ukázala sekvenční variabilitu mezi diploidními sexuálními druhy, tetraploidními sexuálními druhy a polyploidními agamospermickými druhy. Detailně byly analyzovány nukleotidové charakteristiky, substituce, sekundární struktury a fylogenetická použitelnost ITS1-5.8S-ITS2 z 301 klonů 32 druhů představujících 11 sekcí. ITS1-5.8S-ITS2 charakteristiky, interita a stabilita sekundárních struktur potvrdila, že zjištěnou variabilitu není možno vysvětlit přitomností pseudogenů. Intraindividuální polymorfismus jednotlivých klonů naznačuje, že spojená evoluce cistronu ITS u agamospermických polyploidních pampelišek je pozoruhodně potlačená.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EF - Botany

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2009

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Plant Systematics and Evolution

ISSN

0378-2697

e-ISSN

—

Volume of the periodical

278

Issue of the periodical within the volume

1-2

Country of publishing house

AT - AUSTRIA

Number of pages

19

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000263674500006

EID of the result in the Scopus database

—