Conformational properties of DNA containing (CCA)n and (TGG)n trinucleotide repeats

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F05%3A00001183" target="_blank" >RIV/68081707:_____/05:00001183 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Conformational properties of DNA containing (CCA)n and (TGG)n trinucleotide repeats

Original language description

The (CCA)n fragments are random single strands at neutral and alkaline pH but they fold into intramolecular intercalated cytosine tetraplexes at mildly acid pH values. More acid values stabilize intermolecular tetraplex formation. The (TGG)n repeats formhairpins or antiparallel homoduplexes in low salt solutions which, however, are transformed into parallel-stranded guanine tetraplexes at physiological KCl concentrations. Their molecularity depends on the repeat number. The only (TGG)7 folds into an antiparallel-stranded intramolecular tetraplex at low KCl concentrations. Moreover, the (TGG)n fragments provide various mutually slipped conformers. However, both (TGG)n and (CCA)n prefer to associate into the classical heteroduplex. We suppose that the extreme conformational variability of the DNA strands stands behind the length polymorphism which the (CCA)n/(TGG)n repeats exhibit in the human genome.

Czech name

Konformační vlastnosti molekul DNA obsahujících trinukleotidová opakování (CCA)n a (TGG)n

Czech description

Oligonukleotidy (CCA)n v mírně alkalickém a neutrálním pH netvoří uspořádané struktury. Okyselováním roztoku vzorky přecházejí do intramolekulárního interkalovaného tetraplexu. Nižší hodnoty pH stabilizují čtyřřetězcové i-tetraplexy. Oligonukleotidy (TGG)n jsou schopné v nízké iontové síle tvořit vlásenky, respektive antiparalení homoduplexy. Fyziologická koncentrace draselných iontů převádí všechny (TGG)n do paralelního tetraplexového uspořádání, přičemž molekularita tetraplexů je závislá na počtu opakování základního motivu. Jedině (TGG)7 tvoří v nízké koncentraci K+ iontů intramolekulární antiparalelní tetraplex. Všechny oligonukleotidy (TGG)n navíc poskytují různě vzájemně posunuté konformery. V přítomnosti komplementárního řetězce vytváří (TGG)n s(CCA)n klasický heteroduplex. Domníváme se, že extrémní konformační variabilita jednotlivých řetězců je příčinou značného délkového polymorfismu mikrosatelitu (TGG)n / (CCA)n v lidském genomu.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

International Journal of Biological Macromolecules

ISSN

0141-8130

e-ISSN

—

Volume of the periodical

36

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

10

Pages from-to

23-32

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—