Are the hydrogen bonds of RNA (.U) stronger than those of DNA (A.T)? A quantum mechanics study
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F05%3A00021195" target="_blank" >RIV/68081707:_____/05:00021195 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Are the hydrogen bonds of RNA (.U) stronger than those of DNA (A.T)? A quantum mechanics study
Original language description
The intrinsic stabilita of Watson-Crick d(A.T) and r(A.U) hydrogen bonds was analyzed by employing a variety of quantum-mechanical techniques, such as energy calculations, determination of reactivity indexes, and analysis of electron density topology. The analyses was performed on equilibrium gas phase geometries and for hundreds of conformations derived from molecular dynamics (MD) and database analysis. None of our results support the idea that r(A.U) hydrogen bonds are more stable than d(A.T). Instead our data are in accordance with traditional view that the greater stability of RNA relative to DNA is attributable to a variety of effects (e.g. stacking, sugar puckering, solvation etc.).
Czech name
Jsou vodíkové vazby RNA (.U) silnější než DNA (A.T)? Kvantově-mechanická studie
Czech description
Vnitřní stabilita vodíkových vazeb Watson-Crickových párů d(A.T) a r(A.U) byla analýzována zahrnutím rozmanitých kvantově-mechanických technik jako výpočty energie, určování indexů reaktivity a analýza topologie elektronové hustoty. Analýza byla dělána na rovnovážných geometriích v plynné fázi a na stovkách konformací získaných z molekulové dynamiky a databázové analýzy. Žádný z našich výsledků nepotvrdil myšlenku, že r(A.U) vodíkové vazby jsou stabilnější než d(A.T).
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
BO - Biophysics
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/GA203%2F05%2F0009" target="_blank" >GA203/05/0009: Structure and dynamics of DNA nitrogeneous bases, base pairs, oligonucleotides and their complexes with water, ions and drugs</a><br>
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2005
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Chemistry European Journal
ISSN
0947-6539
e-ISSN
—
Volume of the periodical
11
Issue of the periodical within the volume
17
Country of publishing house
DE - GERMANY
Number of pages
5
Pages from-to
5062-5066
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—