DNA in phosphorus atom representation: the heteronomous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG)poly(dC) and simulation of the yeast genome and of a human chromosome DNA

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F05%3A00104648" target="_blank" >RIV/68081707:_____/05:00104648 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/68081707:_____/05:00373438

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

DNA in phosphorus atom representation: the heteronomous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG)poly(dC) and simulation of the yeast genome and of a human chromosome DNA

Original language description

We extracted phosphorus atom coordinates from the database of DNA crystal structures and calculated geometrical parameters needed to reproduce the crystal structures in the phosphorus atom representation. Using the geometrical parameters we wrote a pieceof software assigning the phosphorus atom coordinates to the DNA of any nucleotide sequence. The software demonstrates non-negligible influence of the primary structure on DNA helicity, which may stand behind the heteromonous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG) poly(dC). In addition, the software is so simple that it makes possible to simulate the "crystal" structures of not only viral DNAs, but also the whole genome of Saccharomyces cerevisiae as well as the DNA human chromosome 22 havingdozens of megabases in length.

Czech name

DNA v reprezentaci fosforových atomů: heteronomní dvoušroubovice poly(dA)poly(dT) a poly(dG)poly(dC) a simulace genomu kvasinky a DNA lidského chromozómu

Czech description

Z databáze krystalových struktur DNA jsme vybrali souřadnice fosforových atomů a vypočetli jsme z nich geometrické parametry, které jsou potřebné pro reprodukci krystalových struktur v reprezentaci fosforových atomů. S využitím těchto parametrů jsme napsali software přiřazující souřadnice fosforových atomů DNA obsahující jakoukoli posloupnost nukleotidů. Tento software ukazuje na nezanedbatelný vliv primární struktury na helicitu DNA, který asi způsobuje heteronomnost dvoušroubovic poly(dA)?poly(dT) a poly(dG)?poly(dC). Navíc software je tak jednoduchý, že umožňuje simulovat ?krystalové? struktury nejen virových DNA, ale také celého genomu kvasinky a DNA lidského chromozómu 22, která má délku několika desítek megabází.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/IAA1004201" target="_blank" >IAA1004201: Biophysical properties of the (guanine+cytosine) blocks and the (adenine+thymine) blocks in the human chromosome molecules of DNA</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Theoretical Biology

ISSN

0022-5193

e-ISSN

—

Volume of the periodical

232

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

9

Pages from-to

83-91

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—