Factors influencing DNA expansion in the course of polymerase chain reaction

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00080841" target="_blank" >RIV/68081707:_____/07:00080841 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Factors influencing DNA expansion in the course of polymerase chain reaction

Original language description

We performed more than 3,500 PCRs under various conditions with more than 400 DNA fragments of 4-150 nucleotides in length. We found out that repetitiveness of the primary structure was mostly found to be necessary but not sufficient for the expansion. (A+T)-rich fragments expand better than (G+C)-rich ones and pyrimidine-rich fragments expand better than purine-rich fragments. Terminal nucleotides and the fragment length also are important for the expansion. examples are presented when relatively smallalterations of the DNA primary structure caused a dramatic change in the expansion. The present work has implications for pathological expansions of microsatellites in the human genome as well as regarding the genome evolution in general.

Czech name

Faktory ovlivňující expanzi DNA během polymerázové řetězové reakce

Czech description

Provedli jsme více než 3500 PCR experimentů za různých podmínek s více než 400 fragmenty DNA o délce 4 - 150 nukleotidů. Zjistili jsme, že pro expanzi se zdá být nutné avšak ne dostačující opakování primární struktury. Dále jsme zjistili, že se (A+T) bohaté fragmenty prodlužují lépe než (G+C) bohaté fragmenty a že fragmenty bohaté na pyrimidinové báze se prodlužují lépe než fragmenty bohaté na purinové báze. Dalším důležitým faktorem pro expanzi je délka fragmentu a koncové nukleotidy. Jsou uváděny příklady, kdy relativně malá změna primární struktury způsobuje dramatické změny v expanzi. Tato práce má význam pro patologické prodlužování mikrosatelitů v lidském genomu stejně jako se týká genomové evoluce obecně.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/NM7634" target="_blank" >NM7634: Development of a method for prediction of pathological expansions of trinucleotide repeats in the human genome</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Nucleosides Nucleotides & Nucleic Acids

ISSN

1525-7770

e-ISSN

—

Volume of the periodical

26

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

18

Pages from-to

65-82

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—