Factors affecting success of PCR amplification of microsatellite loci from otter faeces

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081766%3A_____%2F06%3A00031859" target="_blank" >RIV/68081766:_____/06:00031859 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/61989592:15310/06:00003334

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Factors affecting success of PCR amplification of microsatellite loci from otter faeces

Original language description

We investigated the effect of multiple variables on the amplification success rate of microsatellite DNA extracted from faeces of wild Eurasian otters. The success rate was affected by (1) type of sample; with higher success rates in anal jelly samples than faeces; and (2) temperature; with a negative effect of increased temperature at time of collection. To increase the effectiveness of microsatellite genotyping of otter faeces, we recommend collecting samples in cold months and early in the morning, preferably in a frozen state; and the collection of anal jelly samples, or the jelly part from faeces, whenever possible.

Czech name

Faktory ovlivňující úspěšnost PCR amplifikace mikrosatelitových lokusů z vydřího trusu

Czech description

Byl zkoumán vliv různých faktorů na úspěšnost amplifikace mikrosatelitové DNA izolované z trusu volně žijících jedinců vydry říční. Úspěšnost byla ovlivněna (1) typem vzorku; s vyšší úspěšností u výlučků análních žláz v porovnání s trusem; a (2) teplotou; s negativním vlivem zvyšující se teploty v čase sběru. Pro zvýšení efektivnosti mikrosatelitové genotypizace vydřího trusu je doporučován sběr vzorků v chladných měsících a brzy ráno, nejlépe ve zmraženém stavu; a sběr výlučků análních žláz, nebo mukózní části trusu, kdykoliv je to možné.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA206%2F03%2F0757" target="_blank" >GA206/03/0757: Assessment of population size and population structure of Eurasian otter (Lutra lutra) in different habitats by a non-invasive genetic method</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Molecular Ecology Notes

ISSN

1471-8278

e-ISSN

—

Volume of the periodical

6

Issue of the periodical within the volume

2

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

4

Pages from-to

559-562

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—