Polymerase chain reaction multiplexing of microsatellites and single nucleotide polymorphism markers for quantitative trait loci mapping of wild house mice

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081766%3A_____%2F09%3A00315471" target="_blank" >RIV/68081766:_____/09:00315471 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Polymerase chain reaction multiplexing of microsatellites and single nucleotide polymorphism markers for quantitative trait loci mapping of wild house mice

Original language description

We tested 96 microsatellites and 10 single nucleotide polymorphisms for their allelic distribution in two subspecies of the house mouse, Mus musculus musculus and M. m. domesticus. Sixty-two microsatellites discriminated strain-specific differences amongnine wild-derived "musculus" and "domesticus" and three "classical" laboratory strains. For efficient genotyping, we optimized multiplex conditions using five microsatellites per polymerase chain reaction. All 10 single nucleotide polymorphisms were also optimized for simultaneous analysis in one reaction using SNaPshot multiplex. The uniform distribution of markers on autosomes and on the X chromosome makes these panels potentially useful tools for quantitative trait loci mapping of wild house mice.

Czech name

Polymerázová řetězová reakce multiplexující mikrosatelity a SNP markery pro QTL mapování divokých myší

Czech description

Testovali jsme 96 mikrosatelitů a 10 SNP (single nucleotide polymorphism) markerů u dvou poddruhů myši domácí ? Mus musculus musculus a M. m. domesticus. 62 z nich odlišuje kmenově specifické varianty markerů u devíti myších kmenů odvozených od divokýchmyší musculus a domesticus a tří klasických laboratorních kmenů. Pro maximálně efektivní genotypování jsme PCR zoptimalizovali tak, že v každé reakci běželo pět mikrosatelitů zároveň. Všech 10 SNP markerů bylo optimalizováno v jedné reakci pomocí SNaPshot multiplexu. Rovnoměrné rozmístění použitých molekulárních markerů na autosomech a X chromosomu dělá z tohoto panelu nástroj pro QTL mapování divokých myší.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA206%2F06%2F0955" target="_blank" >GA206/06/0955: Genetics</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2009

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Molecular Ecology Resources

ISSN

1755-098X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

9

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

4

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000262678900025

EID of the result in the Scopus database

—