Representing GC variation along eukaryotic chromosomes

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F04%3A00105339" target="_blank" >RIV/68378050:_____/04:00105339 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Representing GC variation along eukaryotic chromosomes

Original language description

Genome sequencing now permits direct visual representation, at any scale, of GC heterogeneity along the chromosomes of several higher eukaryotes. Plots can be easily obtained from the chromosomal sequences, yet sequence releases of mammalian or plant chromosomes still tend to use small scales or window sizes that obscure important large-scale compositional features. To faithfully reveal, at one glance, the compositional variation at a given scale, we have devised a simple scheme that combines line plotswith color-coded shading of the regions underneath the plots. The scheme can be applied to different eukaryotic genomes to facilitate their comparison, as illustrated here for a sample of chromosomes chosen from seven selected species. As a complement to a previously published compact view of isochores in the human genome sequence [FEBS Lett. 511 (2002a) 165], we include here an analogous map for the recently sequenced mouse genome, and discuss the contribution of repetitive DNA to t...

Czech name

Zobrazení variace GC v eukaryotických chromozomech

Czech description

Sekvenování genomů nyní umožňuje vizuálně zobrazovat v jakémkoli měřítku heterogenitu GC v chromozomech řady vyšších eukaryot. Grafy lze snadno získat z chromozomálních sekvencí, ale v dostupných sekvencích savčích či rostlinných chromozomů je stále tendence používat malá měřítka nebo velikosti rámce, které znemožňují vidět důležité kompoziční prvky v širším měřítku. K přesnému zviditelnění kompozičních variací v daném měřítku na první pohled jsme navrhli jednoduché schéma, které kombinuje lineární grafy s barevně kódovaným vybarvením ploch v grafu. Toto schéma lze aplikovat na různé eukaryotické genomy k usnadnění jejich srovnávání, jak je zde ilustrováno na vzorku chromozomů vybraných ze sedmi vybraných druhů. Jako doplněk k dříve publikovanému ucelenému přehledu izochor v sekvenci lidského genomu [FEBS Lett. 511 (2002a) 165] zde dodáváme analogickou mapu nedávno sekvenovaného myšího genomu a rozebíráme podíl repetitivních DNA na variaci GC v grafech. Další informace včetně databá...

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/LN00A079" target="_blank" >LN00A079: Center of Integrated Genomics</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Gene

ISSN

—

e-ISSN

—

Volume of the periodical

333

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

7

Pages from-to

135-141

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—