Methods for viral RNA isolation and PCR amplification for sequencing of near full-length HIV-1 genomes

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F09%3A00317965" target="_blank" >RIV/68378050:_____/09:00317965 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Methods for viral RNA isolation and PCR amplification for sequencing of near full-length HIV-1 genomes

Original language description

HIV-1 in plasma represents the viral quasispecies replicating in the patient at any given time. Studies of HIV-1 viral RNA from plasma or other body fluids therefore reflect the virus present in real time. To obtain near full-length genomic sequences derived from virion RNA it is first necessary to carefully isolate and amplify the RNA.The procedure described below, involves viral RNA extraction, reverse transcription (RT) of the extracted RNA to produce cDNA copies, and PCR amplification of long HIV-1gene fragments using site-specific, overlapping primers. The primers are based on subtype B HIV-1 strains, and plasma specimens are used in the procedures. However, the protocol can easily be adapted to other HIV-1 subtypes by modifying the primers to match the subtype of interest.

Czech name

Metody RNA isolace a PCR amplifikace pro sekvenaci téměř celých genomů HIV-1

Czech description

HIV-1 se replikuje v plasmě v průběhu virové infekce. Studia RNA z plasmy a dalších tělních tekutin proto reflektuje varianty viru v reálném čase. K získání genomových sekvencí odvozených z virové RNA je nutno nejprve amplifikovat RNA. V tomto článku jsou popsány metody RNA extrakce, její reversní transkripce na cDNA a amplifikace dlouhých DNA fragmentů za použití sady specifických primerů tak, aby vznikaly vzájemně se překrývající fragmenty DNA. Primery byly odvozeny ze sekvencí HIV-1 subtypu a metodika optimalizována na isolaci vzorků z plasmy. Nicméně protokol může být snadno upraven modifikacím použitých primerů na studium dalších HIV-1 subtypů.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2009

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

The Nucleus, Volume 1: Nuclei and Subnuclear Components

ISSN

1064-3745

e-ISSN

—

Volume of the periodical

485

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

12

Pages from-to

—

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—