Search for suitable molecular markers for species differentiation of enterococci

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F21%3A00013533" target="_blank" >RIV/75010330:_____/21:00013533 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.vtei.cz/2021/02/hledani-vhodnych-molekularnich-markeru-pro-rozliseni-ruznych-druhu-enterokoku/" target="_blank" >https://www.vtei.cz/2021/02/hledani-vhodnych-molekularnich-markeru-pro-rozliseni-ruznych-druhu-enterokoku/</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.46555/VTEI.2020.12.005" target="_blank" >10.46555/VTEI.2020.12.005</a>

Result language

čeština

Original language name

Hledání vhodných molekulárních markerů pro rozlišení různých druhů enterokoků

Original language description

Enterokoky patří spolu se zástupci druhu Escherichia coli mezi tzv. indikátory fekálního znečištění, které se používají při hodnocení mikrobiologické kvality koupacích vod. Jejich stanovení se řídí vyhláškou MZ ČR č. 238/2011 Sb. a provádí se kultivačně na selektivních agarových médiích. Je známo, že ne všechny druhy enterokoků jsou fekálního původu a mají tedy přímou souvislost s fekálním znečištěním vody. Pro správné hodnocení kvality koupací vody by bylo vhodné znát i původ těchto bakterií. K trasování původu mikroorganismů (tzv. MST, „microbial source tracking“) se s výhodou používá metod molekulární biologie. Pomocí PCR metody lze amplifikací molekulárních markerů (tj. specifických úseků DNA) odlišit různé druhy enterokoků. Publikací zabývající se touto tématikou je mnoho, nicméně ve většině studií se k druhovému rozlišení používá pouze jeden marker, a to při práci s přírodními vzorky nemusí být vždy dostatečné. Pro spolehlivou druhovou identifikaci u přírodních vzorků by bylo výhodnější použít kombinaci několika markerů. Zároveň by bylo vhodné aplikovat poznatky získané z experimentů s čistými kulturami na přírodní vzorky koupacích vod, a to jak čistých, tak fekálně znečištěných. Pro praxi by byly důležité i postupy umožňující PCR ze směsného přírodního vzorku, tedy bez nutnosti předkultivace na selektivních médiích, aby se maximálně zkrátila doba, za kterou je znám výsledek. Cílem tohoto příspěvku je přehledně shrnout publikované molekulární markery pro identifikaci jak enterokoků, tak příbuzných mikroorganismů, a zhodnotit jejich možné použití v mikrobiologii vody pro rychlé zařazení zástupců rodu Enterococcus do druhů při analýze přírodních vzorků.

Czech name

Hledání vhodných molekulárních markerů pro rozlišení různých druhů enterokoků

Czech description

Enterokoky patří spolu se zástupci druhu Escherichia coli mezi tzv. indikátory fekálního znečištění, které se používají při hodnocení mikrobiologické kvality koupacích vod. Jejich stanovení se řídí vyhláškou MZ ČR č. 238/2011 Sb. a provádí se kultivačně na selektivních agarových médiích. Je známo, že ne všechny druhy enterokoků jsou fekálního původu a mají tedy přímou souvislost s fekálním znečištěním vody. Pro správné hodnocení kvality koupací vody by bylo vhodné znát i původ těchto bakterií. K trasování původu mikroorganismů (tzv. MST, „microbial source tracking“) se s výhodou používá metod molekulární biologie. Pomocí PCR metody lze amplifikací molekulárních markerů (tj. specifických úseků DNA) odlišit různé druhy enterokoků. Publikací zabývající se touto tématikou je mnoho, nicméně ve většině studií se k druhovému rozlišení používá pouze jeden marker, a to při práci s přírodními vzorky nemusí být vždy dostatečné. Pro spolehlivou druhovou identifikaci u přírodních vzorků by bylo výhodnější použít kombinaci několika markerů. Zároveň by bylo vhodné aplikovat poznatky získané z experimentů s čistými kulturami na přírodní vzorky koupacích vod, a to jak čistých, tak fekálně znečištěných. Pro praxi by byly důležité i postupy umožňující PCR ze směsného přírodního vzorku, tedy bez nutnosti předkultivace na selektivních médiích, aby se maximálně zkrátila doba, za kterou je znám výsledek. Cílem tohoto příspěvku je přehledně shrnout publikované molekulární markery pro identifikaci jak enterokoků, tak příbuzných mikroorganismů, a zhodnotit jejich možné použití v mikrobiologii vody pro rychlé zařazení zástupců rodu Enterococcus do druhů při analýze přírodních vzorků.

Type

J_ost - Miscellaneous article in a specialist periodical

CEP classification

—

OECD FORD branch

30304 - Public and environmental health

Project

<a href="/en/project/TJ04000132" target="_blank" >TJ04000132: The use of molecular biology for identification of bathing water contamination sources</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2021

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

VTEI

ISSN

0322-8916

e-ISSN

1805-6555

Volume of the periodical

63

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

5

Pages from-to

19-23

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—