Detailed molecular characterization of Neisseria meningitidis isolates by whole genome sequencing (WGS), Czech Republic, 2010–2019
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F75010330%3A_____%2F21%3A00013582" target="_blank" >RIV/75010330:_____/21:00013582 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://www.prolekare.cz/en/journals/epidemiology-microbiology-immunology/2021-3-20/detailed-molecular-characterization-of-neisseria-meningitidis-isolates-by-whole-genome-sequencing-wgs-czech-republic-2010-2019-128254?hl=cs" target="_blank" >https://www.prolekare.cz/en/journals/epidemiology-microbiology-immunology/2021-3-20/detailed-molecular-characterization-of-neisseria-meningitidis-isolates-by-whole-genome-sequencing-wgs-czech-republic-2010-2019-128254?hl=cs</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Detailní molekulární charakterizace izolátů Neisseria meningitidis metodou sekvenace celého genomu (WGS), Česká republika, 2010–2019
Original language description
Cíl: Prezentace prvních výsledků analýzy souboru izolátů Neisseria meningitidis z invazivního meningokokového onemocnění a izolátů spjatých s nimi klinicky a/nebo epidemiologicky z období 2010–2019. Ke studiu byla použita metoda sekvenace celého genomu (WGS). Materiál a metody: Studovaný soubor tvořilo celkem 59 izolátů N. meningitidis z období 2010–2019. Séroskupiny byly určeny klasickými sérologickými metodami a ověřeny metodou RT-PCR. Metodou WGS byla provedena detailní molekulární charakterizace, která kromě genů základní molekulární charakterizace zahrnuje i analýzu ribozomálních a kapsulárních genů, genu antibiotické rezistence penA a genu porA, který kóduje protein zevní buněčné membrány. Výsledky: Studium izolátů N. meningitidis metodou WGS poskytlo detailní molekulární charakterizaci. U velké části studovaných genů byly zjištěny nové, mutované alelové varianty, které byly registrovány v databázi PubMLST a následně anotovány kurátorem. U všech 59 studovaných izolátů byl určen BAST typ, což je kombinace alelových variant genů antigenů vakcín proti onemocněním vyvolaným N. meningitidis B (MenB vakcín). Celkem bylo zjištěno 32 různých BAST typů, z toho 10 izolátů obsahovalo buď neznámou kombinaci BAST lokusů, nebo neslo novou alelovou variantu v některém z nich. Dále byl u studovaných izolátů určen index MenDeVAR, který poskytuje informace o funkčním účinku MenB vakcín na daný izolát. Závěry: Získané výsledky prohlubují znalosti o přenosu invazivních a neinvazivních kmenů N. meningitidis v populaci. Metodou WGS byla získána detailní data o pokrytí těchto kmenů novými MenB vakcínami.
Czech name
Detailní molekulární charakterizace izolátů Neisseria meningitidis metodou sekvenace celého genomu (WGS), Česká republika, 2010–2019
Czech description
Cíl: Prezentace prvních výsledků analýzy souboru izolátů Neisseria meningitidis z invazivního meningokokového onemocnění a izolátů spjatých s nimi klinicky a/nebo epidemiologicky z období 2010–2019. Ke studiu byla použita metoda sekvenace celého genomu (WGS). Materiál a metody: Studovaný soubor tvořilo celkem 59 izolátů N. meningitidis z období 2010–2019. Séroskupiny byly určeny klasickými sérologickými metodami a ověřeny metodou RT-PCR. Metodou WGS byla provedena detailní molekulární charakterizace, která kromě genů základní molekulární charakterizace zahrnuje i analýzu ribozomálních a kapsulárních genů, genu antibiotické rezistence penA a genu porA, který kóduje protein zevní buněčné membrány. Výsledky: Studium izolátů N. meningitidis metodou WGS poskytlo detailní molekulární charakterizaci. U velké části studovaných genů byly zjištěny nové, mutované alelové varianty, které byly registrovány v databázi PubMLST a následně anotovány kurátorem. U všech 59 studovaných izolátů byl určen BAST typ, což je kombinace alelových variant genů antigenů vakcín proti onemocněním vyvolaným N. meningitidis B (MenB vakcín). Celkem bylo zjištěno 32 různých BAST typů, z toho 10 izolátů obsahovalo buď neznámou kombinaci BAST lokusů, nebo neslo novou alelovou variantu v některém z nich. Dále byl u studovaných izolátů určen index MenDeVAR, který poskytuje informace o funkčním účinku MenB vakcín na daný izolát. Závěry: Získané výsledky prohlubují znalosti o přenosu invazivních a neinvazivních kmenů N. meningitidis v populaci. Metodou WGS byla získána detailní data o pokrytí těchto kmenů novými MenB vakcínami.
Classification
Type
J<sub>imp</sub> - Article in a specialist periodical, which is included in the Web of Science database
CEP classification
—
OECD FORD branch
30303 - Infectious Diseases
Result continuities
Project
<a href="/en/project/NV19-09-00319" target="_blank" >NV19-09-00319: Study of meningococcal population by the whole genome sequencing method - base for update of vaccination strategy</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2021
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie
ISSN
1210-7913
e-ISSN
—
Volume of the periodical
70
Issue of the periodical within the volume
3
Country of publishing house
CZ - CZECH REPUBLIC
Number of pages
10
Pages from-to
168-177
UT code for WoS article
000708463000004
EID of the result in the Scopus database
2-s2.0-85118372871