Characterization of the molecular basis of rare genetic diseases of pediatric onset using new methods of genome analysis
Project goals
Genomic analysis is a very efficient diagnostic and gene discovery tool. It should ideally be applied in the diagnosis of all patients with rare diseases when the results of clinical, biochemical, metabolic, molecular and cytogenetic analyses do not lead to a specific diagnosis. In this project we propose continuation and expansion of our long-term efforts in the establishment and characterization of causal genetic and molecular defects, biological principles and pathophysiologic processes in a wide range of rare diseases. We will investigate a group of ~ 120 carefully phenotyped children and their families with rare diseases of pediatric-onset and unknown etiology using a combination of whole exome, whole genome and genome-wide RNA sequencing. Consequently we will focus on clinical, molecular and pathophysiologic characterization of individual genetic defects, identification of disease biomarkers, development of specific methods for postnatal, prenatal and preconception diagnosis and identification of potential therapeutic targets and protocols for specific therapeutic approaches.
Keywords
rare diseasesdiagnostikavzácná onemocněnídiagnosticsgenomikagenomicsmolekulární podstatamolecular basis
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Programme to support medical applied research in 2015 to 2022
Call for proposals
Zdravotnický AV 5 (SMZ0201900001)
Main participants
Univerzita Karlova / 1. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NV19-07-00136
Alternative language
Project name in Czech
Určení příčin vzácných geneticky podmíněných onemocnění v pediatrické populaci pomocí nových metod analýzy genomu
Annotation in Czech
Analýza genomu je efektivním nástrojem pro určení příčin vzácných nemocí a objasnění funkce lidských genů. Genomický přístup by měl být využíván ve všech případech vzácných nemocí s negativními výsledky klinických, biochemických, metabolických, molekulárně biologických a cytogenetických vyšetření. V tomto projektu navrhujeme pokračování a rozšíření našich aktivit ve studiu genetických příčin a molekulárně biologických a buněčně patologických aspektů vzácných nemocí v pediatrické populaci. Pokusíme určit diagnózu a objasnit etiologii onemocnění ve skupině ~ 120 dětí a jejich rodin se vzácným geneticky podmíněným onemocněním neznámé příčiny. K objasnění genetických příčin využijeme kombinace metod sekvenování exomu, genomu a transkriptomu. Následně se zaměříme na charakterizaci patofyziologických aspektů jednotlivých nemocí , pokusíme se nalézt vhodné biomarkery a zavedeme specifické metody pro jejich postnatální, prenatální a prekoncepční diagnostiku. Součástí projektu bude i snaha o definici potenciálních terapeutických cílů případně protokolů pro cílené ovlivnění nemoci.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Total of 228 cases of rare genetic diseases of unknown etiology were studied during the project using exome sequencing, and causal or candidate variants were found in 131 cases (57%). The project has led to the identification of six new rare disease associated genes (PLD1, POLRMT, PAICS, MADD, GABBR1, ZMYM3). The practical result of the project is 82 families in which a definitive molecular genetic diagnosis has been established thanks to exome sequencing. The results of the project are excellent in all respects, with 7 original papers dedicated to the project with a cumulative IF of 71,267 in the Jimp category; and 8,299 in the Jimp2 category, including 7 papers in 1st quartile journals. The final report is clear, accurately characterizing the progress of the work and the results obtained. In summary, this is a high quality project that has met and exceeded in many parameters the objectives defined in the research proposal.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 19, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MZ0-NV-U
Data delivery date
Jun 22, 2023
Finance
Total approved costs
14,718 thou. CZK
Public financial support
14,718 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
14 718 CZK thou.
Public support
14 718 CZK thou.
0%
Provider
Ministry of Health
OECD FORD
Human genetics
Solution period
01. 05. 2019 - 31. 12. 2022