Qualitative and quantitative analysis of the performance of pseudotrypsin towards protein substrates as a contribution to proteomics
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
FP6-2004-Mobility-1
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Contest type
RP - Co-financing of EC programme
Contract ID
MSMT-1462/2015-1
Alternative language
Project name in Czech
Kvalitativní a kvantitativní analýza působení pseudotrypsinu na proteinové substráty jako příspěvek pro proteomiku
Annotation in Czech
Cílem projektu je provést charakterizaci pseudotrypsinu, proteolytického enzymu, který vzniká částečnou autolytickou degradací trypsinu spočívající ve štěpení peptidové vazby mezi zbytky Lys176 a Asp177. Naším záměrem je optimalizovat postup přípravy a přečištění pseudotrypsinu a potvrdit získání tohoto enzymu v čisté formě pomocí biochemických metod a bioanalytických metod, např. s využitím hmotnostní spektrometrie s iontovou mobilitou. Aktivita pseudotrypsinu bude testována s umělými spektrofotometrickými peptidovými substráty obsahujícími aromatické aminokyseliny vedle očekávaného pseudotrypsinového štěpného místa. Pseudotrypsin dále poslouží k přípravě digestů proteinových standardů a komplexních proteinových vzorků. Výsledné peptidové směsi budouseparovány kapalinovou chromatografií a analyzovány hmotnostní spektrometrií s ionizací elektrosprejem nebo laserovou desorpcí s účastí matrice. Na základě analýzy fragmentačních spekter z tandemové hmotnostní spektrometrie peptidů vedoucí k určení aminokyselinové sekvence bude posouzena preference pseudotrypsinu vůči štěpným místům v proteinech. Data budou vyhodnocena na základě databázového vyhledávání s experimentálními datovými soubory a statisticky zpracována. Porovnání s daty získanými štěpením pomocí chymotrypsinu, který běžně štěpí u aromatických aminokyselinových zbytků, ukáže, zda je působení pseudotrypsinu srovnatelné s chymotrypsinem či nikoli. Očekávaným přínosem bude také první detailní charakterizace enzymologických vlastností pseudotrypsinu, což poslouží k predikci výskytu semispecifických a nespecifických peptidů v proteinových digestech získaných působením trypsinu. Vznik pseudotrypsinu během autolýzy trypsinu může takto ovlivňovat výsledek i reprodukovatelnost trypsinového štěpení proteinových vzorků, což má zásadní dopad zejména na kvantitativní analýzu v proteomice.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
CB - Analytical chemistry, separation
CEP - another secondary branch
BO - Biophysics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10406 - Analytical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
This project was being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 15, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-MSM-7A-U/02:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
184 thou. CZK
Public financial support
184 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK