Targeted protein degradation in plant hormone cytokinin responses
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
—
Main participants
Mendelova univerzita v Brně / Agronomická fakulta
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
MSMT-539/2017-1
Alternative language
Project name in Czech
Cílená degradace proteinů v odpovědi na rostlinný hormon cytokinin
Annotation in Czech
(1) Příprava nových mutantních linií. CRISPR/Cas9 systém pro cílenou mutagenesi bude využit pro přípravu mutant v genech komponent ubiquitinační dráhy. Cílem bude příprava mutant v genech UBC (AtUBC7, 15, 17, 22, 34, 37) a KMD (KMD3), pro které nejsou známé žádné T-DNA inserční mutanty. V závislosti na úspěšnosti budou přednostně připraveny nejvíce slibní kandidáti (AtUBC15, 17, 22, 37), nebo všechny výše uvedené mutanty. (2) Příprava vícenásobných mutant křížením či užitím CRISPR/Cas9 na jednonásobném mutantu. (3) Fyziologická analýza dostupných a nově připravených mutant. Analýza bude zahrnovat škálu standardních analýz, která umožní mimo studium role cytokininu i testovat ovlivnění dalších drah a mimo jiné bude doplněna o transformací funkčních kopií genu do mutantní linie pro doplňující srovnání. (4) Proteomická analýza účinků narušení proteasomové signalizace na úrovni proteomu. Bude užito rozsáhlého profilování proteomu pro analýzu (i) dostupných a nově připravených mutant a (ii) dostupných transgenních linií s narušenou cytokininovou homeostasí či proteasomovou dráhou. Studie bude zaměřena především na klíčení a brzký vývoj klíčních rostlin. V průběhu klíčení je proteinová degradace a hormonální signalizace velmi důležitá. Narušením ubiquitin-proteasomové kaskády a/nebo cytokininové signalizace se proteiny určené k degradaci budou hromadit a to umožní jejich identifikování. Druhá část, analýza interakce proteasomu a cytokininové signalizace na úrovni klíční rostliny, nám umožní navázat na předchozí výsledky a s využitím cílené proteomické analýzy budeme sledovat změny v abundanci identifikovaných proteinů cytokininové odpovědi.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
This project was being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 26, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-MSM-7A-U/01:1
Data delivery date
Jun 18, 2019
Finance
Total approved costs
175 thou. CZK
Public financial support
175 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK