All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”
FV20479

Simplified method for quantification of specific genes expression

Public support

  • Provider

    Ministry of Industry and Trade

  • Programme

    TRIO

  • Call for proposals

    TRIO 2 (SMPO201700001)

  • Main participants

    Top-Bio, s.r.o.

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    2017FV20479

Alternative language

  • Project name in Czech

    Zjednodušená metoda kvantifikace exprese specifických genů

  • Annotation in Czech

    Změny v expresi specifických genů patří ke klíčovým ukazatelům diferenciačních a patofyziologických změn buněk. Nejčastěji používaná metoda kvantifikace genů je založena na přepisu RNA do komplementární DNA (cDNA) v procesu reverzní transkripce (RT) s následnou amplifikací cDNA v kvantitativní polymerázové řetězcové reakci (qPCR). RT je však zatížena řadou problémů, které znesnadňují analýzu genové exprese. Cílem předkládaného projektu je vyvinout novou zjednodušenou, citlivou, spolehlivou a obecně použitelnou technologii pro kvantifikaci exprese specifických genů, ve které je proces RT nahrazen účinnou a rychlou ligací DNA sond specificky navázaných na studované RNA a následnou kvantifikaci ligovaných DNA sond pomocí qPCR. Pro ligaci využijeme T4 RNA ligase (Rnl2)- nebo PBCV-1ligázu s vysokou enzymatickou aktivitou ligace DNA vázané na RNA a dalšími výhodnými vlastnostmi pro použití v navrhovaném systému. Hlavní pozornost bude zaměřena na vývoj nových reakčních směsí, které budou zajišťovat optimální podmínky ligace DNA sond a amplifikace ligované DNA ve stejné reakční směsi. Pro vývoj robustního systému kvantifikace genové exprese budou kromě DNA ligáz využity (1) mutantní formy DNA polymeráz se zvýšenou schopností amplifikace DNA fragmentů i za suboptimálních podmínek (2) monoklonální protilátky inhibující enzymatickou aktivitu DNA polymeráz během ligace a (3) různé vzájemně kompatibilní enhancery ligačních a amplifikačních reakcí, včetně směsi vysokých koncentrací terhalózy a 1,2-propandiolu, u které jsme nedávno zjistili schopnost zvyšovat robustnost qPCR. Nové technologie budou verifikovány na několika modelech, včetně diagnózy steatohepatitidy a fibrózy u pacientů. Hlavním výstupem projektu budou prototypy obecně využitelných souprav pro kvantifikaci sekvenčně-specifických RNA z různých buněčných typů.

Scientific branches

  • R&D category

    AP - Applied research

  • CEP classification - main branch

    EB - Genetics and molecular biology

  • CEP - secondary branch

    EI - Biotechnology and bionics

  • CEP - another secondary branch

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    The project has achieved the set objectives and outputs of the project. The result of the solution is a kit for quantification of selected gene expression, PNPLA3, a universally applicable kit for simplified quantification of gene expression, technology of preparation of components of the kit for simplified quantification of gene expression.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jul 1, 2017

  • Realization period - end

    Oct 31, 2020

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    May 14, 2020

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

  • Data delivery code

    CEP21-MPO-FV-U

  • Data delivery date

    Apr 18, 2024

Finance

  • Total approved costs

    9,995 thou. CZK

  • Public financial support

    7,971 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    2,024 thou. CZK