Simplified method for quantification of specific genes expression
Public support
Provider
Ministry of Industry and Trade
Programme
TRIO
Call for proposals
TRIO 2 (SMPO201700001)
Main participants
Top-Bio, s.r.o.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
2017FV20479
Alternative language
Project name in Czech
Zjednodušená metoda kvantifikace exprese specifických genů
Annotation in Czech
Změny v expresi specifických genů patří ke klíčovým ukazatelům diferenciačních a patofyziologických změn buněk. Nejčastěji používaná metoda kvantifikace genů je založena na přepisu RNA do komplementární DNA (cDNA) v procesu reverzní transkripce (RT) s následnou amplifikací cDNA v kvantitativní polymerázové řetězcové reakci (qPCR). RT je však zatížena řadou problémů, které znesnadňují analýzu genové exprese. Cílem předkládaného projektu je vyvinout novou zjednodušenou, citlivou, spolehlivou a obecně použitelnou technologii pro kvantifikaci exprese specifických genů, ve které je proces RT nahrazen účinnou a rychlou ligací DNA sond specificky navázaných na studované RNA a následnou kvantifikaci ligovaných DNA sond pomocí qPCR. Pro ligaci využijeme T4 RNA ligase (Rnl2)- nebo PBCV-1ligázu s vysokou enzymatickou aktivitou ligace DNA vázané na RNA a dalšími výhodnými vlastnostmi pro použití v navrhovaném systému. Hlavní pozornost bude zaměřena na vývoj nových reakčních směsí, které budou zajišťovat optimální podmínky ligace DNA sond a amplifikace ligované DNA ve stejné reakční směsi. Pro vývoj robustního systému kvantifikace genové exprese budou kromě DNA ligáz využity (1) mutantní formy DNA polymeráz se zvýšenou schopností amplifikace DNA fragmentů i za suboptimálních podmínek (2) monoklonální protilátky inhibující enzymatickou aktivitu DNA polymeráz během ligace a (3) různé vzájemně kompatibilní enhancery ligačních a amplifikačních reakcí, včetně směsi vysokých koncentrací terhalózy a 1,2-propandiolu, u které jsme nedávno zjistili schopnost zvyšovat robustnost qPCR. Nové technologie budou verifikovány na několika modelech, včetně diagnózy steatohepatitidy a fibrózy u pacientů. Hlavním výstupem projektu budou prototypy obecně využitelných souprav pro kvantifikaci sekvenčně-specifických RNA z různých buněčných typů.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EI - Biotechnology and bionics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project has achieved the set objectives and outputs of the project. The result of the solution is a kit for quantification of selected gene expression, PNPLA3, a universally applicable kit for simplified quantification of gene expression, technology of preparation of components of the kit for simplified quantification of gene expression.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jul 1, 2017
Realization period - end
Oct 31, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 14, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.
Data delivery code
CEP21-MPO-FV-U
Data delivery date
Apr 18, 2024
Finance
Total approved costs
9,995 thou. CZK
Public financial support
7,971 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
2,024 thou. CZK