CHEESE - the next generation platform for virtual screening

Provider

Ministry of Industry and Trade

Programme

—

Call for proposals

SMPO202500001

Main participants

Deep MedChem a.s.<br>Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

FY01010096

Project name in Czech

CHEESE- platforma nové generace pro virtuální screening

Annotation in Czech

Základním cílem projektu je upgradovat platformu CHEESE, coby hlavní výstup projektu. Nová generace platformy bude komplexním AI řešením v podobě unikátního softwarového produktu, který zásadně rozšíří možnosti in silico výzkumu ve farmacii (drug discovery) a biotechnologiích. Dílčími cíli projektu jsou: 1/ Navrhnout novou technologii kombinatorických databází za využití hlubokých neuronových sítí k jejich prohledávání. 2/ Pilotně ověřit nástroje platformy CHEESE ve virtuálním screeningu enumerativních i kombinatorických databází a provést validaci těchto nástrojů experimentálními metodami. 3/ Navrhnout technologii „structure awareness“, která umožní rychlé a přesné vyhledávání malých molekul podle jejich 3D konformací (namísto dosud používaných SMILES kódů) a zajistí nativní podporu díky AI generování konformací, spojenému se strukturním pre trainingem a kontrastivním fine tuningem. 4/ Docílit unikátního přístupu „target-awareness“, kde budou embeddingy neuronových sítí natrénovány tak, aby vyhledávací dotaz ve vektorové databázi (ANN search) dovedl najít molekuly nebo jejich konformace s nejvyšší elektrostatickou komplementaritou. 5/ Provést rozsáhlou experimentální validaci nástrojů structure awareness a target-awareness a celkové koncepce strukturálně založeného virtuálního screeningu (SBVS) Jedním z přínosů je v rámci účinné spolupráce Deep MedChem a UOCHB propojení biochemických, screeningových (HTS), chemoinformatických postupů a bioinformatiky. CHEESE má za cíl řešit problém dlouhého a nákladného vývoje léčiv. Tento proces může stát 1,5 až 4 miliardy dolarů a trvat 10 až 15 let, přičemž méně než 0,1 % kandidátních molekul postoupí do klinických zkoušek. Pokročilé výpočtové metody (in silico) výrazně zrychlují proces, snižují náklady a riziko selhání až o polovinu.

R&D category

VV - Exeperimental development

OECD FORD - main branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

OECD FORD - secondary branch

30107 - Medicinal chemistry

OECD FORD - another secondary branch

—

CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>FP - Other medical fields<br>IN - Informatics

Realization period - beginning

Sep 1, 2025

Realization period - end

Aug 31, 2027

Project status

Z - Beginning multi-year project

Latest support payment

—

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Data delivery code

CEP25-MPO-FY-R

Data delivery date

Oct 8, 2025

Total approved costs

34,600 thou. CZK

Public financial support

23,710 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

10,890 thou. CZK