Chromosome arm 3DS of bread wheat: its sequence and function in allopolyploid genome
Project goals
Bread wheat (Triticum aestivum) is one of the most important crops worldwide. Improved knowledge of the wheat genome will facilitate marker-assisted selection that, in turn, will accelerate breeding of improved varieties, cloning of genes underlying important traits, and the transfer to wheat desirable genetic information from its wild progenitors and other related species. In addition to its indisputable agronomical importance, bread wheat represents an excellent model to study the evolution, structure, and function of allopolyploid genomes. One of the most important questions with respect to hybrid genomes is the regulation and expression of homoeologous genes in allopolyploid. We propose to sequence chromosome arm 3DS of hexaploid wheat, annotate genes and compare them to homoeologous loci on chromosomes 3A and 3B. We intend to use homoelogous gene sets to identify specific polymorphism and use this information to characterize homoeolog-specific expression of genes.
Keywords
bread wheatchromosome genomicssequencinganalysis of expression
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 17 (SGA0201300005)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
13-08786S
Alternative language
Project name in Czech
Chromosomální rameno 3DS pšenice seté: sekvence a funkce v rámci allopolyploidního genomu
Annotation in Czech
Pšenice setá (Triticum aestivum) je jednou z celosvětově nejvýznamnějších plodin. Získání nových informací o jejím genomu umožní selekci za pomoci molekulárních markerů, šlechtění nových kultivarů s lepšími užitnými vlastnostmi, klonování důležitých genů a přenos žádoucí genetické genetické informace z divokých předchůdců a příbuzných druhů do genomu pšenice. Vedle nesporného zemědělského významu je pšenice rovněž vynikajícím modelem pro studium struktury a funkce allopolyploidních genomů. Jednou ze zásadních otázek s ohledem na hybridní původ genomů mnoha rostlin je exprese homoeologních sad genů a její regulace. V rámci projektu navrhujeme sekvenovat chromosomální rameno 3DS pšenice, anotovat geny a tyto geny porovnat s homoeologními oblastmi na chromosomech 3A a 3B. Dále plánujeme využít sady homoeologních genů pro identifikaci specifických polymorfismů a tyto polymorfismy použít pro studium exprese homoeologních genů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project met its declared aim and cotributed to obtaining of sequence information in whole genome sequencing of wheat. The project was also strategically important in financial support (together with other Czech Science Foundation projects) participation of the Czech Republic in this significant international consortium project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Feb 1, 2013
Realization period - end
Apr 25, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 17, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2020
Finance
Total approved costs
17,395 thou. CZK
Public financial support
17,395 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
17 395 CZK thou.
Public support
17 395 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 02. 2013 - 25. 04. 2019