Modifications and bioorthogonal reactions in the major groove of DNA for regulation of protein binding and gene expression
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 18 (SGA0201400001)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.<br>Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-04289S
Alternative language
Project name in Czech
Modifikace a bioorthogonální reakce ve velkém žlábku DNA pro regulaci vazby proteinů a genové exprese
Annotation in Czech
Syntéza nových oligonukleotidů (ON) a DNA s modifikovanými bázemi nesoucí různé modifikace ve velkém žlábku bude využita pro koncepčně nové aplikace v chemické biologii. Příprava modifikovaných nukleových kyselin bude založena na cross-coupling reakcích nukleosid trifosfátů následovaných inkorporacemi katalyzovanými DNA polymerasami. Různé typy modifikací budou studovány jako chránící skupiny pro regulaci (přepínání) vazby proteinů na DNA. Bude podrobně a systematicky studován vliv připojených funkčních nebo chránících skupin různé sterické náročnosti ve velkém žlábku DNA na sekvenčně-specifické interakce s proteiny (restrikční endonukleasy, methyltransferasy, transkripční faktory atd.) a na in vitro transkripci. Transformace těchto připojených skupin bioorthogonálními reakcemi bude využito pro regulaci a přepínání těchto interakcí a následných biologických procesů (zejména transkripce).
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
CC - Organic chemistry
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10401 - Organic chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project brought new knowledge about trancsription regulation via chemical modification of major groove of DNA template. The investigators described relationship between type of modification and transcription activity. The project results are promissing for development of research in field of interaction of nucleic acids with proteins.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 14, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
9,994 thou. CZK
Public financial support
9,994 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK