Role of DNA conformation and DNA grooves in protein - DNA recognition. Model studies.
Project goals
The goal of the project is to contribute to the elucidation of the rules governing the specific and selective binding of proteins to DNA with a special regard to the question of the influence of nucleotide conformation and modification on the formation of the complex. Peptides modelling the specific protein binding sites (i.e. the binding motif of the bZIP proteins), and also more simple peptides which may bind DNA only selectively will be synthesized. The interaction of these peptides with several series of synthetic DNA oligonucleotide duplexes of different sequence will be studied using physicochemical and molecular biology methods. The importance of DNA grooves in the DNA-peptide binding will be investigated using oligonucleotides containing noncanonical bases in the sequences of binding sites.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
—
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Úloha konformace DNA a žlábků DNA v rozpoznávání DNA proteiny. Modelové studie
Annotation in Czech
Cílem projektu je přispět k objasnění pravidel, kterými se řídí specifická a selektivní vazba proteinů na DNA. Zvláštní zřetel bude věnován vlivu konformace a modifikace DNA na tvorbu komplexů. Budou syntetisovány peptidy modelující specifická vazebná místa proteinů (např. vazebný motiv bZIP proteinů) a rovněž jednodušší peptidy, u kterých předpokládáme pouze selektivní vazbu na DNA. Pomocí fyzikálně chemických a molekulárně biologických metod bude studována interakce těchto peptidů s několika řadami syntetických DNA oligonukleotidových duplexů o různé sekvenci. Oligonukleotidy obsahující nestandardní base jako součást vazebných míst budou sloužit k objasnění význam žlábků DNA při vazbě DNA s peptidy.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Výsledky dosažené při řešení projektu významně přispívají k poznání pravidel, jimiž se řídí selektivní interakce DNA s proteiny. Odborný přínos projektu je nesporný. Nejvýznamnější výsledek byl získán s využitím peptidů odpovídajících DNA-vazebnému místu
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1996
Realization period - end
Jan 1, 1998
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/1999/GA0/GA09GA/V/6:6
Data delivery date
—
Finance
Total approved costs
747 thou. CZK
Public financial support
480 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
747 CZK thou.
Public support
480 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CE - Biochemistry
Solution period
01. 01. 1996 - 01. 01. 1998